180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2530 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  100 
 
 		 661 aa  1360    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  48.08 
 
 		 823 aa  536  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  40.16 
 
 		 637 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  40.8 
 
 		 634 aa  443  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  40.16 
 
 		 637 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  42.15 
 
 		 669 aa  442  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  42.18 
 
 		 687 aa  442  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  41.51 
 
 		 660 aa  434  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  41.2 
 
 		 661 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  41.64 
 
 		 661 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  42.08 
 
 		 674 aa  430  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  41.07 
 
 		 661 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  41.19 
 
 		 661 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  40.61 
 
 		 663 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  42.22 
 
 		 659 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  41 
 
 		 662 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  41.06 
 
 		 662 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  41.03 
 
 		 663 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  41.35 
 
 		 663 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  41.35 
 
 		 663 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  41.48 
 
 		 659 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  40.48 
 
 		 665 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  41.02 
 
 		 687 aa  423  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  40.82 
 
 		 670 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  41.63 
 
 		 666 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  40.5 
 
 		 676 aa  423  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  40.77 
 
 		 678 aa  425  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  40.66 
 
 		 666 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  41.63 
 
 		 666 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  40.58 
 
 		 660 aa  416  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  41.28 
 
 		 664 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  40.22 
 
 		 664 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  41.11 
 
 		 665 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  40.79 
 
 		 669 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  39.46 
 
 		 723 aa  417  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  41.11 
 
 		 673 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  39.71 
 
 		 660 aa  413  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  39.42 
 
 		 661 aa  412  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  40.89 
 
 		 664 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  40.35 
 
 		 661 aa  415  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  40.88 
 
 		 668 aa  416  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  40.53 
 
 		 660 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  40.42 
 
 		 665 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  40.88 
 
 		 672 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  38.81 
 
 		 645 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  40.1 
 
 		 675 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  41.05 
 
 		 664 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  40 
 
 		 666 aa  407  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  40.95 
 
 		 666 aa  408  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  37.93 
 
 		 644 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  39.68 
 
 		 700 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  39.72 
 
 		 661 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  41.48 
 
 		 662 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  37.48 
 
 		 756 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  40.33 
 
 		 665 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  39.74 
 
 		 669 aa  405  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  41.16 
 
 		 667 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  40.19 
 
 		 669 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  44.13 
 
 		 573 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  38.1 
 
 		 626 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  40.18 
 
 		 670 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  45.25 
 
 		 828 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  45.25 
 
 		 834 aa  365  2e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  45.88 
 
 		 809 aa  362  1e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  40.7 
 
 		 531 aa  314  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  33.64 
 
 		 630 aa  280  8e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  33.01 
 
 		 627 aa  273  7e-72  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  31.58 
 
 		 648 aa  240  6.999999999999999e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  31.14 
 
 		 714 aa  238  3e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  28.46 
 
 		 658 aa  238  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  30.8 
 
 		 723 aa  235  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  29.95 
 
 		 638 aa  229  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  30.89 
 
 		 641 aa  227  4e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  32.18 
 
 		 648 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  30.65 
 
 		 713 aa  213  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  31.51 
 
 		 554 aa  208  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  29.81 
 
 		 651 aa  204  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  33.19 
 
 		 670 aa  204  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  31.38 
 
 		 560 aa  194  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  31.45 
 
 		 561 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  30.73 
 
 		 677 aa  191  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  27.39 
 
 		 758 aa  190  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  31.69 
 
 		 576 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.48 
 
 		 575 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.61 
 
 		 593 aa  184  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  31.65 
 
 		 594 aa  183  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  27.77 
 
 		 633 aa  181  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  31.12 
 
 		 583 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  28.13 
 
 		 633 aa  179  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  28.06 
 
 		 598 aa  179  2e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  29.98 
 
 		 601 aa  178  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.67 
 
 		 548 aa  178  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  28.99 
 
 		 663 aa  174  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  25.74 
 
 		 658 aa  174  5e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  26.87 
 
 		 897 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  25.72 
 
 		 603 aa  171  4e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  25.09 
 
 		 673 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  26.44 
 
 		 559 aa  165  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  28.07 
 
 		 695 aa  159  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  25.88 
 
 		 699 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>