180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6612 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  99.84 
 
 
637 aa  1319    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 
637 aa  1320    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  92.94 
 
 
634 aa  1235    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  71.14 
 
 
644 aa  945    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  67.93 
 
 
645 aa  928    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  62.18 
 
 
626 aa  807    Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  48.99 
 
 
823 aa  595  1e-169  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  40.16 
 
 
661 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  41.79 
 
 
723 aa  425  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  38.46 
 
 
756 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  46.65 
 
 
809 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  40.77 
 
 
668 aa  402  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  46.86 
 
 
828 aa  404  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  46.65 
 
 
834 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  39.53 
 
 
666 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  40.85 
 
 
666 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  40.48 
 
 
674 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  39.44 
 
 
663 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  39.03 
 
 
669 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  39.8 
 
 
663 aa  393  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  39.56 
 
 
675 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  39.9 
 
 
669 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  39.47 
 
 
664 aa  392  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  39.77 
 
 
665 aa  392  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  40.24 
 
 
669 aa  392  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  39.73 
 
 
665 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  39.6 
 
 
670 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  39.6 
 
 
673 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  39.56 
 
 
666 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  41.1 
 
 
664 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  39.53 
 
 
664 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  38.88 
 
 
687 aa  386  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  39.9 
 
 
662 aa  388  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  40 
 
 
665 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  40.1 
 
 
661 aa  389  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  40.44 
 
 
663 aa  389  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  38.47 
 
 
687 aa  389  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  40.44 
 
 
663 aa  389  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  39.49 
 
 
659 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  40.61 
 
 
661 aa  388  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  39.5 
 
 
660 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  39.49 
 
 
665 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  39.8 
 
 
662 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  39.26 
 
 
661 aa  385  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  39.29 
 
 
678 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  39.39 
 
 
672 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  39.76 
 
 
659 aa  385  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  38.22 
 
 
661 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  39.49 
 
 
661 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  39.26 
 
 
676 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  40.25 
 
 
666 aa  378  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  42.8 
 
 
573 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  38.94 
 
 
661 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  39.72 
 
 
667 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  40.29 
 
 
662 aa  375  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  39.72 
 
 
669 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  39.12 
 
 
664 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  38.91 
 
 
666 aa  372  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  38.58 
 
 
661 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  39.48 
 
 
660 aa  368  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  38.93 
 
 
660 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  38.63 
 
 
660 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  36.73 
 
 
700 aa  363  7.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  40.68 
 
 
670 aa  362  8e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  41.68 
 
 
531 aa  306  8.000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  34.28 
 
 
630 aa  295  2e-78  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  34.27 
 
 
627 aa  288  2.9999999999999996e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  32.05 
 
 
638 aa  238  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  29.27 
 
 
658 aa  235  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  30.58 
 
 
723 aa  208  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  30.87 
 
 
648 aa  207  3e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  30.4 
 
 
714 aa  208  3e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  28.27 
 
 
651 aa  201  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  29.49 
 
 
641 aa  197  6e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  28.55 
 
 
713 aa  193  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  28.46 
 
 
670 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.9 
 
 
648 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  25.77 
 
 
758 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  28.65 
 
 
560 aa  178  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  28.65 
 
 
561 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  27.29 
 
 
559 aa  171  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.01 
 
 
594 aa  166  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.05 
 
 
593 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  28.82 
 
 
576 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  28.29 
 
 
583 aa  162  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  28.54 
 
 
554 aa  160  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  26.65 
 
 
655 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  28.84 
 
 
695 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.16 
 
 
575 aa  154  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  24.88 
 
 
673 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  28.99 
 
 
699 aa  153  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  27.68 
 
 
548 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.86 
 
 
663 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  26.91 
 
 
592 aa  152  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  26.17 
 
 
677 aa  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  26.8 
 
 
633 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  25.6 
 
 
633 aa  147  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  25.63 
 
 
628 aa  144  4e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28 
 
 
699 aa  143  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  28.63 
 
 
678 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>