199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3903 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  63.18 
 
 		 675 aa  828    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  68.99 
 
 		 573 aa  787    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  62.26 
 
 		 678 aa  801    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  64.38 
 
 		 669 aa  825    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  58.43 
 
 		 723 aa  671    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  73.8 
 
 		 660 aa  982    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  75 
 
 		 531 aa  677    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  71.41 
 
 		 661 aa  947    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  76.31 
 
 		 664 aa  1006    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 665 aa  1352    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  68.52 
 
 		 666 aa  897    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  64.41 
 
 		 664 aa  847    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  64.56 
 
 		 664 aa  858    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  64.23 
 
 		 667 aa  828    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  72.24 
 
 		 687 aa  979    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  49.32 
 
 		 756 aa  646    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  77.16 
 
 		 662 aa  1037    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  76.91 
 
 		 662 aa  1050    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  75.11 
 
 		 664 aa  1021    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  63.19 
 
 		 666 aa  830    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  63.04 
 
 		 665 aa  815    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  63.93 
 
 		 666 aa  855    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  63.06 
 
 		 665 aa  820    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  73.96 
 
 		 674 aa  1001    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  73.88 
 
 		 661 aa  987    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  74.74 
 
 		 669 aa  1018    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  63.8 
 
 		 673 aa  854    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  63.35 
 
 		 668 aa  833    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  62.95 
 
 		 663 aa  837    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  75.34 
 
 		 661 aa  1019    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  63.93 
 
 		 665 aa  849    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  73.96 
 
 		 660 aa  937    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  67.07 
 
 		 700 aa  895    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  80.15 
 
 		 666 aa  1047    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  63.2 
 
 		 669 aa  828    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  75.64 
 
 		 660 aa  969    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  75.49 
 
 		 661 aa  1006    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  71.54 
 
 		 670 aa  761    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  73.89 
 
 		 676 aa  988    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  62.96 
 
 		 672 aa  829    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  63.93 
 
 		 669 aa  857    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  75.56 
 
 		 666 aa  1006    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  74.93 
 
 		 661 aa  1010    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  74.11 
 
 		 660 aa  978    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  76.42 
 
 		 663 aa  1028    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  64.2 
 
 		 687 aa  812    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  76.42 
 
 		 663 aa  1028    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  63.65 
 
 		 670 aa  852    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  76.31 
 
 		 659 aa  1016    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  76.95 
 
 		 661 aa  1007    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  76.64 
 
 		 661 aa  1012    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  78.07 
 
 		 662 aa  993    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  75.3 
 
 		 663 aa  1042    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  76.13 
 
 		 659 aa  1016    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  45.69 
 
 		 823 aa  486  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  40.48 
 
 		 661 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  39.7 
 
 		 637 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  39.49 
 
 		 637 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  39.8 
 
 		 634 aa  382  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  39 
 
 		 644 aa  382  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  37.25 
 
 		 645 aa  372  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  36.59 
 
 		 626 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  47.16 
 
 		 809 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  47.6 
 
 		 828 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  47.38 
 
 		 834 aa  363  5.0000000000000005e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  36.16 
 
 		 658 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  35.73 
 
 		 638 aa  300  7e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  32.14 
 
 		 630 aa  281  2e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  31.8 
 
 		 627 aa  278  3e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  33.75 
 
 		 641 aa  265  1e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  32.05 
 
 		 714 aa  256  8e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  32.52 
 
 		 723 aa  254  3e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  33.01 
 
 		 648 aa  254  5.000000000000001e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  34.63 
 
 		 648 aa  230  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  31.83 
 
 		 713 aa  229  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  31.1 
 
 		 670 aa  229  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  36.96 
 
 		 561 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  36.54 
 
 		 560 aa  224  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  35.95 
 
 		 554 aa  222  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  31.94 
 
 		 651 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  27.97 
 
 		 658 aa  201  3.9999999999999996e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  29.13 
 
 		 663 aa  193  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  31.86 
 
 		 677 aa  192  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  29.73 
 
 		 758 aa  192  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.72 
 
 		 548 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  28.39 
 
 		 559 aa  186  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  30.43 
 
 		 601 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  30.31 
 
 		 699 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.18 
 
 		 593 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  30.97 
 
 		 678 aa  184  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  28.4 
 
 		 583 aa  184  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  29.45 
 
 		 699 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.14 
 
 		 598 aa  182  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  28.34 
 
 		 695 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  30.33 
 
 		 594 aa  182  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  29.55 
 
 		 576 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  30.48 
 
 		 575 aa  177  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  27.36 
 
 		 714 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  29.33 
 
 		 570 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  29.12 
 
 		 570 aa  173  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>