202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5823 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  100 
 
 		 651 aa  1321    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  42.56 
 
 		 648 aa  458  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  41.94 
 
 		 677 aa  388  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  43.93 
 
 		 670 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  41.25 
 
 		 559 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  43.01 
 
 		 583 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  37.98 
 
 		 713 aa  345  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  42.16 
 
 		 593 aa  343  5e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  39.01 
 
 		 758 aa  343  5.999999999999999e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  42.16 
 
 		 570 aa  337  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  41.52 
 
 		 594 aa  337  5e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  41.23 
 
 		 570 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  40.33 
 
 		 576 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  41.31 
 
 		 557 aa  334  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  41.76 
 
 		 575 aa  333  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  35.92 
 
 		 641 aa  311  2e-83  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  34.27 
 
 		 592 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  32.5 
 
 		 723 aa  303  8.000000000000001e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  33.27 
 
 		 714 aa  302  2e-80  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  34.93 
 
 		 648 aa  297  4e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  35.52 
 
 		 603 aa  288  2.9999999999999996e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  33.51 
 
 		 673 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  38.23 
 
 		 601 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  32.81 
 
 		 598 aa  268  2.9999999999999995e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  30.83 
 
 		 658 aa  254  4.0000000000000004e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  31.87 
 
 		 655 aa  254  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  34.47 
 
 		 678 aa  242  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  33.62 
 
 		 687 aa  238  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  35.21 
 
 		 661 aa  227  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  32.43 
 
 		 661 aa  226  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 674 aa  226  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  34.46 
 
 		 676 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  32.45 
 
 		 633 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  34.97 
 
 		 664 aa  225  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  33.13 
 
 		 678 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  33.01 
 
 		 663 aa  221  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  32.91 
 
 		 633 aa  221  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  31.32 
 
 		 699 aa  220  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  34.25 
 
 		 662 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  32.17 
 
 		 666 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  33.73 
 
 		 669 aa  219  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  31.94 
 
 		 665 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  33.4 
 
 		 687 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  32.86 
 
 		 665 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  31.99 
 
 		 670 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  33.21 
 
 		 661 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  32.39 
 
 		 661 aa  218  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 666 aa  218  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  34.53 
 
 		 666 aa  216  9e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  34.46 
 
 		 663 aa  216  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  32.37 
 
 		 659 aa  216  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  31.91 
 
 		 664 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  30.89 
 
 		 699 aa  215  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  31.78 
 
 		 669 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  32.8 
 
 		 660 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  31.17 
 
 		 665 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  32.56 
 
 		 668 aa  215  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  32.67 
 
 		 669 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  33.19 
 
 		 661 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  32.58 
 
 		 669 aa  214  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  32 
 
 		 660 aa  214  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  32.53 
 
 		 673 aa  214  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  34.1 
 
 		 664 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  32.14 
 
 		 823 aa  213  7e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  33.05 
 
 		 675 aa  213  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  34.75 
 
 		 660 aa  212  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  32.38 
 
 		 672 aa  212  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  34.03 
 
 		 661 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  34.49 
 
 		 700 aa  211  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  31.31 
 
 		 664 aa  211  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  33.4 
 
 		 660 aa  211  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  34.18 
 
 		 662 aa  211  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  32.88 
 
 		 659 aa  210  6e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  33.19 
 
 		 666 aa  210  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  32.97 
 
 		 665 aa  210  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  32.69 
 
 		 667 aa  210  8e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  33.4 
 
 		 663 aa  207  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  33.4 
 
 		 663 aa  207  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  28.52 
 
 		 626 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.22 
 
 		 695 aa  207  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  32.04 
 
 		 662 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  29.61 
 
 		 661 aa  204  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  33.97 
 
 		 661 aa  204  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  29.44 
 
 		 611 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  33.47 
 
 		 666 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  28.27 
 
 		 637 aa  201  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  28.27 
 
 		 637 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  31.78 
 
 		 828 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  31.78 
 
 		 834 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  32.06 
 
 		 809 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  27.93 
 
 		 634 aa  197  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  33.26 
 
 		 573 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  30.09 
 
 		 668 aa  196  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  28.06 
 
 		 645 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  28.29 
 
 		 630 aa  194  5e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  27.18 
 
 		 756 aa  191  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  26.36 
 
 		 620 aa  189  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  29.64 
 
 		 670 aa  188  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  28.85 
 
 		 627 aa  187  4e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  31.1 
 
 		 667 aa  187  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>