192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2002 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  89.33 
 
 		 675 aa  1164    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  89.3 
 
 		 673 aa  1182    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  56.64 
 
 		 723 aa  661    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  87.31 
 
 		 670 aa  1149    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  62.95 
 
 		 660 aa  801    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  63.38 
 
 		 660 aa  843    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  68.43 
 
 		 678 aa  877    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  64.3 
 
 		 661 aa  845    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  65.37 
 
 		 664 aa  833    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  63.49 
 
 		 665 aa  849    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  89.31 
 
 		 664 aa  1167    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  90.06 
 
 		 664 aa  1196    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  90.1 
 
 		 667 aa  1151    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  91.33 
 
 		 669 aa  1148    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  61.69 
 
 		 687 aa  825    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  64 
 
 		 666 aa  807    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  66.32 
 
 		 662 aa  877    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  65.87 
 
 		 662 aa  866    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  64.73 
 
 		 664 aa  847    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 665 aa  1355    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  89.19 
 
 		 666 aa  1178    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  89.62 
 
 		 665 aa  1164    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  63.29 
 
 		 674 aa  846    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  64.9 
 
 		 661 aa  877    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  64.06 
 
 		 669 aa  847    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  90.12 
 
 		 668 aa  1187    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  86.02 
 
 		 663 aa  1156    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  64.89 
 
 		 666 aa  854    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  90.84 
 
 		 666 aa  1148    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  89.92 
 
 		 665 aa  1193    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  51.59 
 
 		 756 aa  654    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  68.64 
 
 		 573 aa  769    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  61.29 
 
 		 700 aa  814    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  64.05 
 
 		 666 aa  829    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  64.93 
 
 		 661 aa  876    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  64.64 
 
 		 660 aa  818    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  65.22 
 
 		 661 aa  865    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  64.42 
 
 		 676 aa  850    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  88.84 
 
 		 672 aa  1180    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  89.84 
 
 		 669 aa  1180    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  63.33 
 
 		 661 aa  860    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  64.75 
 
 		 663 aa  882    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  68.62 
 
 		 687 aa  878    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  64.75 
 
 		 663 aa  882    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  63.88 
 
 		 660 aa  833    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  64.72 
 
 		 659 aa  852    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  64.72 
 
 		 661 aa  847    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  66.37 
 
 		 661 aa  864    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  66.87 
 
 		 662 aa  846    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  65.68 
 
 		 663 aa  870    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  64.77 
 
 		 659 aa  865    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  96.56 
 
 		 669 aa  1245    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  93.74 
 
 		 670 aa  984    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  66.74 
 
 		 531 aa  589  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  47.8 
 
 		 823 aa  506  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  40.33 
 
 		 661 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  40.27 
 
 		 637 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  39.97 
 
 		 634 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  40.1 
 
 		 637 aa  392  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  38.31 
 
 		 645 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  38.06 
 
 		 644 aa  370  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  45.85 
 
 		 809 aa  355  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  45.85 
 
 		 828 aa  354  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  35.84 
 
 		 626 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  45.85 
 
 		 834 aa  353  5e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  35.37 
 
 		 658 aa  327  4.0000000000000003e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  36.94 
 
 		 638 aa  318  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  33.73 
 
 		 630 aa  302  1e-80  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  33.2 
 
 		 627 aa  294  3e-78  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  34.18 
 
 		 723 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  33.53 
 
 		 714 aa  267  5.999999999999999e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  35.18 
 
 		 648 aa  265  2e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  33.98 
 
 		 641 aa  263  6.999999999999999e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  30.21 
 
 		 670 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  36.76 
 
 		 561 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  32.35 
 
 		 648 aa  226  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  36.17 
 
 		 560 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  28.76 
 
 		 713 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  31.79 
 
 		 651 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  35.45 
 
 		 554 aa  217  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  30.74 
 
 		 658 aa  214  5.999999999999999e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  31.34 
 
 		 677 aa  209  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  29.3 
 
 		 559 aa  202  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  28.47 
 
 		 548 aa  191  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.88 
 
 		 593 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  30.08 
 
 		 663 aa  187  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  28.4 
 
 		 758 aa  185  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.96 
 
 		 594 aa  183  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  30.04 
 
 		 583 aa  182  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  29.85 
 
 		 575 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  29.82 
 
 		 576 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  29.02 
 
 		 633 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  30.36 
 
 		 678 aa  178  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  29.58 
 
 		 699 aa  177  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.22 
 
 		 699 aa  176  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  30.7 
 
 		 570 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.21 
 
 		 695 aa  176  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.69 
 
 		 598 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  30.7 
 
 		 570 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  26.3 
 
 		 603 aa  176  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>