132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3531 on replicon NC_009469
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 606 aa  1246    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  47.46 
 
 		 682 aa  468  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  45.01 
 
 		 656 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  44.2 
 
 		 655 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  43.98 
 
 		 639 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  43.58 
 
 		 654 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  43.78 
 
 		 665 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  43.99 
 
 		 641 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  42.8 
 
 		 629 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  39.33 
 
 		 674 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  40 
 
 		 639 aa  361  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  40.08 
 
 		 635 aa  360  5e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  40.61 
 
 		 663 aa  355  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  40.24 
 
 		 637 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3603  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  97.48 
 
 		 129 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.720206  normal  0.831231 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  24.66 
 
 		 580 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.24 
 
 		 560 aa  91.3  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  24.83 
 
 		 575 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.17 
 
 		 561 aa  85.9  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24.18 
 
 		 660 aa  85.5  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  26.04 
 
 		 661 aa  84.7  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  24.89 
 
 		 658 aa  82  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  22.72 
 
 		 554 aa  81.3  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 660 aa  80.5  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  26.22 
 
 		 509 aa  79  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  24.43 
 
 		 611 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.75 
 
 		 666 aa  79  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.19 
 
 		 670 aa  77.8  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.91 
 
 		 674 aa  77.4  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24.77 
 
 		 663 aa  77  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24.77 
 
 		 663 aa  77  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  19.97 
 
 		 714 aa  76.3  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.48 
 
 		 664 aa  76.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.4 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  21.16 
 
 		 723 aa  75.1  0.000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.19 
 
 		 665 aa  74.7  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  26.1 
 
 		 666 aa  74.7  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.48 
 
 		 661 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.85 
 
 		 648 aa  74.7  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.62 
 
 		 661 aa  74.3  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  24.55 
 
 		 638 aa  73.6  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  26.42 
 
 		 662 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 660 aa  73.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 662 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 661 aa  72.4  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  25.63 
 
 		 666 aa  72  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 		 659 aa  72  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  26.56 
 
 		 531 aa  71.2  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  24.37 
 
 		 666 aa  70.9  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  27.16 
 
 		 687 aa  70.9  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  23.37 
 
 		 661 aa  70.5  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.41 
 
 		 669 aa  69.7  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  25.24 
 
 		 659 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  25.35 
 
 		 662 aa  69.3  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  21.38 
 
 		 661 aa  69.3  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  24.26 
 
 		 660 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.34 
 
 		 723 aa  69.3  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.25 
 
 		 687 aa  68.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.97 
 
 		 676 aa  68.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  21.22 
 
 		 641 aa  68.2  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  21.48 
 
 		 626 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  24.37 
 
 		 668 aa  68.2  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  22.58 
 
 		 588 aa  67.8  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  26.09 
 
 		 678 aa  67.4  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.55 
 
 		 664 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.14 
 
 		 665 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 664 aa  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 573 aa  65.9  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.45 
 
 		 675 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  23.57 
 
 		 672 aa  65.1  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  24.84 
 
 		 664 aa  64.7  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23.91 
 
 		 669 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.91 
 
 		 669 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  22.72 
 
 		 606 aa  63.9  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 665 aa  63.9  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.61 
 
 		 663 aa  63.9  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.91 
 
 		 666 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  24.11 
 
 		 585 aa  63.5  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  24.51 
 
 		 592 aa  63.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.91 
 
 		 669 aa  63.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  21.77 
 
 		 620 aa  63.2  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 670 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  26.04 
 
 		 714 aa  62.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  25.16 
 
 		 670 aa  62  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  23.36 
 
 		 673 aa  62.4  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  19.66 
 
 		 559 aa  61.6  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  21.92 
 
 		 576 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  23.22 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.22 
 
 		 667 aa  60.5  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 661 aa  60.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  21.83 
 
 		 634 aa  60.1  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  20.13 
 
 		 606 aa  60.1  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  23.08 
 
 		 583 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  20.13 
 
 		 630 aa  58.9  0.0000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.21 
 
 		 663 aa  59.3  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  20.63 
 
 		 663 aa  59.3  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  25.53 
 
 		 579 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  20.85 
 
 		 823 aa  58.2  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.37 
 
 		 575 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>