184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2738 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  74.13 
 
 		 606 aa  893    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  100 
 
 		 606 aa  1264    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  28.28 
 
 		 762 aa  134  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  27.8 
 
 		 661 aa  134  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  28.85 
 
 		 610 aa  131  4.0000000000000003e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  24.64 
 
 		 598 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  27.67 
 
 		 673 aa  113  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  26.62 
 
 		 590 aa  108  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  25 
 
 		 627 aa  108  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.83 
 
 		 663 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  26.22 
 
 		 625 aa  101  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  26.28 
 
 		 648 aa  100  9e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  23.89 
 
 		 827 aa  95.9  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  26.88 
 
 		 677 aa  95.5  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  24.69 
 
 		 912 aa  93.2  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  24.71 
 
 		 511 aa  90.5  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  24.33 
 
 		 902 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28380  type IV secretory pathway, VirD4 component  25.78 
 
 		 445 aa  88.6  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  23.62 
 
 		 554 aa  87.8  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3157  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.29 
 
 		 332 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.104836  normal  0.929615 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0559  TraG/TraD family membrane protein  21.86 
 
 		 666 aa  80.1  0.0000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  28.63 
 
 		 661 aa  76.6  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0014  conjugation protein  28.24 
 
 		 877 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  23.98 
 
 		 714 aa  75.1  0.000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.98 
 
 		 723 aa  74.7  0.000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.33 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.54 
 
 		 664 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  28.33 
 
 		 665 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  28.03 
 
 		 662 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  27.59 
 
 		 823 aa  72  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  33.53 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  28.14 
 
 		 659 aa  71.2  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.31 
 
 		 809 aa  70.5  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  23.46 
 
 		 560 aa  70.5  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.31 
 
 		 828 aa  70.5  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.31 
 
 		 834 aa  70.5  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  29 
 
 		 674 aa  70.1  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  30.34 
 
 		 666 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.24 
 
 		 630 aa  70.1  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 661 aa  68.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  28.02 
 
 		 660 aa  68.6  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  21.74 
 
 		 598 aa  67.8  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  28.02 
 
 		 659 aa  67.8  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  27.27 
 
 		 666 aa  67.8  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  27.08 
 
 		 661 aa  67.4  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  28.57 
 
 		 669 aa  67  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  22.4 
 
 		 648 aa  66.2  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.61 
 
 		 576 aa  67  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  25.94 
 
 		 666 aa  66.6  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  27.08 
 
 		 662 aa  66.6  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  27.2 
 
 		 663 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  23.47 
 
 		 627 aa  67  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  28.51 
 
 		 661 aa  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  21.82 
 
 		 561 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  23.29 
 
 		 665 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  28.75 
 
 		 676 aa  65.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  25.73 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  26.21 
 
 		 662 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  27.2 
 
 		 664 aa  65.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.73 
 
 		 687 aa  65.5  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 666 aa  65.1  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  25.8 
 
 		 573 aa  65.1  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  25.94 
 
 		 660 aa  65.1  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.83 
 
 		 660 aa  64.7  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 673 aa  65.1  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  23.3 
 
 		 559 aa  64.3  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  26.81 
 
 		 668 aa  64.3  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 665 aa  64.3  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  20.33 
 
 		 682 aa  64.3  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  26.38 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.09 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  26.36 
 
 		 670 aa  64.3  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 669 aa  64.3  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  22.72 
 
 		 606 aa  64.3  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 669 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 669 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  27.35 
 
 		 661 aa  63.9  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  24.79 
 
 		 723 aa  63.9  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  27.27 
 
 		 661 aa  63.5  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  26.47 
 
 		 672 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.96 
 
 		 593 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.18 
 
 		 621 aa  63.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.78 
 
 		 678 aa  63.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  26.36 
 
 		 675 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  24.2 
 
 		 583 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  27.2 
 
 		 664 aa  62.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  26.78 
 
 		 664 aa  62.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  25.85 
 
 		 665 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  26.47 
 
 		 667 aa  62.8  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 635 aa  62.4  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  26.25 
 
 		 661 aa  62  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  24.13 
 
 		 699 aa  62  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  31.69 
 
 		 620 aa  61.6  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  21.17 
 
 		 638 aa  61.6  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  27.16 
 
 		 663 aa  61.2  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  27.16 
 
 		 663 aa  61.2  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  24.81 
 
 		 670 aa  60.5  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  28.21 
 
 		 570 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.43 
 
 		 575 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>