99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_28380 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_28380  type IV secretory pathway, VirD4 component  100 
 
 		 445 aa  933    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  33.33 
 
 		 598 aa  194  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  31.83 
 
 		 610 aa  174  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  29.06 
 
 		 590 aa  171  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  30.26 
 
 		 627 aa  162  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  26.91 
 
 		 677 aa  150  5e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  28.45 
 
 		 673 aa  129  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  28.22 
 
 		 661 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  28.29 
 
 		 648 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  27.97 
 
 		 511 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  27.4 
 
 		 625 aa  111  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  26.76 
 
 		 663 aa  99  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  26.7 
 
 		 606 aa  99  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  26.46 
 
 		 678 aa  97.1  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  26.46 
 
 		 912 aa  96.7  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3157  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.69 
 
 		 332 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.104836  normal  0.929615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  26.93 
 
 		 827 aa  94.4  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  24.23 
 
 		 699 aa  94  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  25.28 
 
 		 641 aa  92.4  1e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  26.69 
 
 		 682 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  26.56 
 
 		 695 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  25.22 
 
 		 699 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  25.78 
 
 		 606 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  22.69 
 
 		 902 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  24.35 
 
 		 648 aa  82.8  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  23.85 
 
 		 714 aa  81.6  0.00000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  26.16 
 
 		 762 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.56 
 
 		 723 aa  80.5  0.00000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  25.49 
 
 		 896 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  26.4 
 
 		 670 aa  76.6  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  23.81 
 
 		 668 aa  72.4  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  27.84 
 
 		 648 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  24.64 
 
 		 559 aa  71.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  23.53 
 
 		 670 aa  70.5  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  23.53 
 
 		 667 aa  70.5  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  24.72 
 
 		 633 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  25 
 
 		 651 aa  67.8  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  24.72 
 
 		 633 aa  67  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0014  conjugation protein  32.58 
 
 		 877 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0559  TraG/TraD family membrane protein  21.97 
 
 		 666 aa  63.9  0.000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  24.8 
 
 		 661 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  23.01 
 
 		 601 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  22.31 
 
 		 714 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  24.22 
 
 		 713 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  24.21 
 
 		 594 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  23.21 
 
 		 554 aa  57  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  25.73 
 
 		 666 aa  56.2  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  24.57 
 
 		 585 aa  54.3  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.5 
 
 		 593 aa  53.9  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  30.52 
 
 		 897 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  25.29 
 
 		 687 aa  51.2  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  24.24 
 
 		 666 aa  51.2  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 661 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  24.14 
 
 		 576 aa  50.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  22.96 
 
 		 638 aa  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3625  TRAG family protein  25 
 
 		 742 aa  49.3  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  25.43 
 
 		 669 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  25.21 
 
 		 664 aa  49.3  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  22.87 
 
 		 758 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.29 
 
 		 661 aa  48.5  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  24.14 
 
 		 583 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24.04 
 
 		 663 aa  48.9  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.31 
 
 		 548 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.71 
 
 		 660 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24.04 
 
 		 663 aa  48.9  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.28 
 
 		 575 aa  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 678 aa  47.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.09 
 
 		 661 aa  47.8  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 662 aa  47.4  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1163  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.02 
 
 		 504 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.552237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.77 
 
 		 666 aa  47.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.11 
 
 		 661 aa  47.4  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  25.43 
 
 		 660 aa  47  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.93 
 
 		 661 aa  47  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  23.81 
 
 		 560 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  25.71 
 
 		 660 aa  47  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  22.7 
 
 		 663 aa  46.6  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  31.76 
 
 		 661 aa  46.6  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  24.25 
 
 		 570 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  24.86 
 
 		 674 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.51 
 
 		 661 aa  46.2  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  22.68 
 
 		 661 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 676 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24.25 
 
 		 557 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  24.25 
 
 		 570 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  25.27 
 
 		 665 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 700 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  22.65 
 
 		 823 aa  45.8  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 573 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  25.07 
 
 		 687 aa  44.3  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  23.24 
 
 		 660 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  30.13 
 
 		 644 aa  43.9  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 659 aa  43.5  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0730  type IV secretory pathway VirD4 components  25.14 
 
 		 459 aa  43.5  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  22.88 
 
 		 613 aa  43.5  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  21.47 
 
 		 672 aa  43.1  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  34.06 
 
 		 664 aa  43.1  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  22.83 
 
 		 663 aa  43.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  21.28 
 
 		 592 aa  43.1  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>