179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3988 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  90.75 
 
 		 668 aa  1247    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  94.75 
 
 		 667 aa  1258    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  100 
 
 		 670 aa  1372    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  35.48 
 
 		 548 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  33.27 
 
 		 663 aa  288  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.48 
 
 		 695 aa  195  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  31.4 
 
 		 670 aa  194  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  30.02 
 
 		 641 aa  191  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  28.2 
 
 		 699 aa  190  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.2 
 
 		 699 aa  189  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.18 
 
 		 678 aa  187  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  29.2 
 
 		 651 aa  187  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  28.54 
 
 		 714 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  27.9 
 
 		 559 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  30.13 
 
 		 648 aa  185  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.71 
 
 		 648 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  28.68 
 
 		 714 aa  183  8.000000000000001e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  29.58 
 
 		 723 aa  182  1e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  28.42 
 
 		 633 aa  176  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  31.89 
 
 		 713 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  28.21 
 
 		 677 aa  171  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  30.88 
 
 		 633 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  28.64 
 
 		 570 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  28.31 
 
 		 557 aa  164  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  28.31 
 
 		 570 aa  164  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.64 
 
 		 593 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.52 
 
 		 678 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.27 
 
 		 598 aa  159  2e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  29.44 
 
 		 583 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  28.51 
 
 		 576 aa  158  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  28.88 
 
 		 662 aa  157  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  28.74 
 
 		 594 aa  154  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  27.02 
 
 		 687 aa  153  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  27.89 
 
 		 573 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.84 
 
 		 575 aa  152  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  29.03 
 
 		 661 aa  151  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  26.86 
 
 		 723 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  27.79 
 
 		 666 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  27.27 
 
 		 676 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  28.77 
 
 		 662 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  28.23 
 
 		 661 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.93 
 
 		 674 aa  146  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  25.31 
 
 		 603 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  28 
 
 		 661 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  28.05 
 
 		 659 aa  145  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  27 
 
 		 664 aa  144  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  28.14 
 
 		 660 aa  143  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  27.04 
 
 		 700 aa  143  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  28.02 
 
 		 663 aa  143  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  28.02 
 
 		 663 aa  143  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  25.12 
 
 		 758 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  26.34 
 
 		 669 aa  141  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  26.71 
 
 		 659 aa  140  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  25.39 
 
 		 666 aa  140  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  26.86 
 
 		 823 aa  140  7.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  26.57 
 
 		 666 aa  140  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  26.11 
 
 		 675 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 		 663 aa  139  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  27.2 
 
 		 666 aa  139  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  26.06 
 
 		 665 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  27.57 
 
 		 662 aa  138  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  26.99 
 
 		 661 aa  137  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  26.91 
 
 		 661 aa  137  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  25.96 
 
 		 660 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 665 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  25.92 
 
 		 672 aa  137  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 669 aa  137  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.09 
 
 		 670 aa  137  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  26.06 
 
 		 661 aa  137  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27 
 
 		 687 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.81 
 
 		 667 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 668 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.74 
 
 		 669 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.61 
 
 		 664 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  25.25 
 
 		 673 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 669 aa  134  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 		 664 aa  134  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  28.36 
 
 		 661 aa  134  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 666 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  27.55 
 
 		 627 aa  133  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 		 665 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  26.84 
 
 		 665 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  25.88 
 
 		 660 aa  131  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  26.18 
 
 		 663 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  25.22 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  26.35 
 
 		 660 aa  127  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  25.86 
 
 		 601 aa  127  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  25.44 
 
 		 658 aa  126  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 664 aa  126  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  26.2 
 
 		 661 aa  124  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  26.34 
 
 		 592 aa  122  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  24.41 
 
 		 902 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  24.72 
 
 		 658 aa  118  3e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.23 
 
 		 809 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  26.08 
 
 		 756 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  30.6 
 
 		 630 aa  116  2.0000000000000002e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.23 
 
 		 828 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.23 
 
 		 834 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  24.5 
 
 		 670 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  23.96 
 
 		 625 aa  108  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>