179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0843 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  100 
 
 		 682 aa  1405    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  39.56 
 
 		 511 aa  338  2.9999999999999997e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  37.37 
 
 		 663 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  33.22 
 
 		 827 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  35.43 
 
 		 912 aa  266  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  29.89 
 
 		 661 aa  165  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  29.93 
 
 		 673 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  27.97 
 
 		 625 aa  145  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  27.94 
 
 		 648 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  24.32 
 
 		 695 aa  123  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  27.15 
 
 		 598 aa  117  6.9999999999999995e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  27.96 
 
 		 762 aa  114  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  23.64 
 
 		 699 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  23.4 
 
 		 699 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.8 
 
 		 713 aa  110  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  23.88 
 
 		 678 aa  108  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.61 
 
 		 700 aa  95.9  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 668 aa  95.1  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  24.95 
 
 		 661 aa  93.2  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28380  type IV secretory pathway, VirD4 component  26.69 
 
 		 445 aa  92.4  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  23.14 
 
 		 714 aa  91.7  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.11 
 
 		 670 aa  91.7  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  25.55 
 
 		 677 aa  90.9  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  22.63 
 
 		 627 aa  88.6  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.47 
 
 		 630 aa  87  9e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  22.84 
 
 		 661 aa  87  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.43 
 
 		 648 aa  87  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.63 
 
 		 665 aa  85.9  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 669 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  22.35 
 
 		 723 aa  85.5  0.000000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.48 
 
 		 664 aa  85.5  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 669 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 		 675 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  23.87 
 
 		 627 aa  84.7  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  23.71 
 
 		 666 aa  84.7  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 661 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  23.44 
 
 		 670 aa  84  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  22.2 
 
 		 714 aa  84  0.000000000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 		 687 aa  84  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.18 
 
 		 661 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 673 aa  83.2  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  23.33 
 
 		 648 aa  82  0.00000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.62 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.54 
 
 		 667 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  22.24 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  22.24 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  24.29 
 
 		 559 aa  82  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 665 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  23.72 
 
 		 678 aa  81.3  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 663 aa  80.9  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  22.91 
 
 		 659 aa  80.9  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.03 
 
 		 661 aa  80.9  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.82 
 
 		 651 aa  80.1  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.57 
 
 		 662 aa  79.7  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 		 573 aa  79.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.1 
 
 		 687 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 669 aa  79.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.03 
 
 		 663 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  22.58 
 
 		 666 aa  79.3  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  22.52 
 
 		 672 aa  78.2  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  24.79 
 
 		 663 aa  78.2  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.67 
 
 		 669 aa  78.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  21.41 
 
 		 661 aa  77.8  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 674 aa  77  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25.18 
 
 		 661 aa  77  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  23.38 
 
 		 590 aa  76.6  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  24.14 
 
 		 823 aa  75.9  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 664 aa  76.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.57 
 
 		 662 aa  76.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  24.72 
 
 		 548 aa  76.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.57 
 
 		 665 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  24.58 
 
 		 670 aa  74.3  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  20.78 
 
 		 677 aa  74.3  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.5 
 
 		 664 aa  74.3  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24.03 
 
 		 660 aa  73.9  0.000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22 
 
 		 641 aa  73.9  0.000000000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.54 
 
 		 660 aa  73.9  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.15 
 
 		 666 aa  73.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  23.56 
 
 		 668 aa  72.4  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  22.63 
 
 		 723 aa  73.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.47 
 
 		 676 aa  72  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 664 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  23.01 
 
 		 665 aa  71.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  23.56 
 
 		 670 aa  71.2  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  24 
 
 		 603 aa  71.2  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  21.75 
 
 		 606 aa  70.9  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.34 
 
 		 666 aa  70.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.49 
 
 		 659 aa  71.2  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  22.81 
 
 		 660 aa  70.5  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  24.63 
 
 		 658 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.51 
 
 		 661 aa  70.1  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  24.62 
 
 		 809 aa  69.3  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  21.17 
 
 		 662 aa  68.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 660 aa  68.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  23.78 
 
 		 667 aa  68.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  24.87 
 
 		 828 aa  67.8  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.44 
 
 		 593 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  22.1 
 
 		 758 aa  67.4  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  24.94 
 
 		 834 aa  67  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0841  hypothetical protein  34.04 
 
 		 163 aa  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>