98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2352 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 		 672 aa  1394    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  29.28 
 
 		 665 aa  196  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  27.94 
 
 		 657 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.2 
 
 		 702 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.16 
 
 		 571 aa  171  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  29.44 
 
 		 565 aa  164  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.27 
 
 		 776 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.33 
 
 		 509 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.82 
 
 		 616 aa  159  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.52 
 
 		 708 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.67 
 
 		 760 aa  157  8e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.99 
 
 		 708 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.78 
 
 		 707 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.78 
 
 		 708 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.78 
 
 		 708 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.78 
 
 		 708 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  26.16 
 
 		 763 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.22 
 
 		 798 aa  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  27.21 
 
 		 768 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  25.5 
 
 		 692 aa  148  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.02 
 
 		 629 aa  139  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.05 
 
 		 604 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  25.99 
 
 		 562 aa  133  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.48 
 
 		 578 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  23.45 
 
 		 723 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  25 
 
 		 611 aa  128  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.63 
 
 		 743 aa  125  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.69 
 
 		 681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.9 
 
 		 784 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.66 
 
 		 840 aa  111  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.32 
 
 		 675 aa  110  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  25.06 
 
 		 602 aa  98.2  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  24.37 
 
 		 667 aa  94.7  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  40.62 
 
 		 110 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  22.96 
 
 		 573 aa  81.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  21.82 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  30.67 
 
 		 608 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  21.06 
 
 		 502 aa  73.2  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  23.1 
 
 		 699 aa  72  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  20.68 
 
 		 602 aa  71.2  0.00000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  23.16 
 
 		 588 aa  68.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.45 
 
 		 678 aa  68.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  23.88 
 
 		 762 aa  65.1  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.46 
 
 		 695 aa  64.7  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  22.22 
 
 		 902 aa  64.3  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  22.19 
 
 		 699 aa  63.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  22.8 
 
 		 598 aa  61.2  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  20.91 
 
 		 569 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  20.91 
 
 		 569 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  29.2 
 
 		 912 aa  58.9  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  27.66 
 
 		 638 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  27.66 
 
 		 638 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  26.11 
 
 		 511 aa  58.5  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  23.4 
 
 		 610 aa  58.2  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  23.51 
 
 		 673 aa  58.2  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  19.67 
 
 		 648 aa  57  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  29.3 
 
 		 827 aa  56.6  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  21.71 
 
 		 625 aa  56.6  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  25.18 
 
 		 590 aa  55.1  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  22.25 
 
 		 682 aa  53.5  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  21.21 
 
 		 664 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  23.44 
 
 		 627 aa  53.1  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.2 
 
 		 670 aa  51.6  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  20.61 
 
 		 700 aa  51.6  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  22.91 
 
 		 714 aa  50.8  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.28 
 
 		 651 aa  50.4  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.53 
 
 		 633 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  20.56 
 
 		 661 aa  49.3  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  20.6 
 
 		 663 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  21.46 
 
 		 662 aa  49.3  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28 
 
 		 621 aa  49.3  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  21.27 
 
 		 666 aa  48.9  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  20.32 
 
 		 628 aa  48.5  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  21.32 
 
 		 666 aa  48.1  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  23.26 
 
 		 661 aa  47.8  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  20.1 
 
 		 663 aa  47.8  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  31.73 
 
 		 606 aa  47.8  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  20.1 
 
 		 663 aa  47.8  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  21.72 
 
 		 573 aa  47.4  0.0009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  22.54 
 
 		 606 aa  47  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  23.33 
 
 		 663 aa  47  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  20.56 
 
 		 661 aa  47  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  20.14 
 
 		 660 aa  47.4  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.46 
 
 		 611 aa  45.8  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  23.08 
 
 		 562 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  19.45 
 
 		 663 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  20.3 
 
 		 665 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  20.05 
 
 		 662 aa  46.2  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  20.98 
 
 		 669 aa  44.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  20.4 
 
 		 676 aa  44.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  20 
 
 		 669 aa  44.7  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  21.75 
 
 		 661 aa  44.3  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  20.76 
 
 		 674 aa  44.3  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.32 
 
 		 575 aa  44.3  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  20.25 
 
 		 669 aa  44.3  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  21.29 
 
 		 678 aa  43.9  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  19.31 
 
 		 675 aa  43.9  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  20.55 
 
 		 661 aa  43.9  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>