106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8942 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  100 
 
 		 613 aa  1236    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  50.99 
 
 		 611 aa  528  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  37.53 
 
 		 587 aa  219  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  35.88 
 
 		 592 aa  214  3.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  31.85 
 
 		 634 aa  213  5.999999999999999e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  36.55 
 
 		 592 aa  212  1e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  37.01 
 
 		 594 aa  210  6e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  34.78 
 
 		 594 aa  193  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.22 
 
 		 621 aa  178  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.93 
 
 		 636 aa  153  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.5 
 
 		 506 aa  152  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  30 
 
 		 591 aa  151  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  29.68 
 
 		 604 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  28.96 
 
 		 589 aa  143  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  29.19 
 
 		 589 aa  140  8.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  30.05 
 
 		 598 aa  139  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  28.98 
 
 		 590 aa  138  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.65 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.16 
 
 		 490 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.63 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  27.53 
 
 		 583 aa  121  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  30.39 
 
 		 602 aa  111  5e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.88 
 
 		 656 aa  96.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  28.47 
 
 		 399 aa  96.7  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  22.43 
 
 		 677 aa  72.4  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  22.44 
 
 		 658 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  25.18 
 
 		 912 aa  67.8  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  25.76 
 
 		 827 aa  67.4  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.42 
 
 		 690 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  22.3 
 
 		 713 aa  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.05 
 
 		 651 aa  65.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  28.15 
 
 		 663 aa  65.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  22.61 
 
 		 663 aa  64.7  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  18.94 
 
 		 598 aa  64.7  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  41 
 
 		 669 aa  62.4  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  24.26 
 
 		 579 aa  62  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  22.03 
 
 		 723 aa  61.6  0.00000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.45 
 
 		 700 aa  61.6  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.63 
 
 		 648 aa  60.8  0.00000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  22.85 
 
 		 896 aa  61.2  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  23.11 
 
 		 673 aa  60.8  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  22.36 
 
 		 714 aa  58.9  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  24.03 
 
 		 682 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  20.37 
 
 		 627 aa  58.5  0.0000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.73 
 
 		 648 aa  57  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  21.05 
 
 		 670 aa  57  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  21.65 
 
 		 638 aa  57  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.56 
 
 		 664 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  21.66 
 
 		 714 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  21.43 
 
 		 723 aa  56.6  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  26.92 
 
 		 610 aa  56.2  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  19.52 
 
 		 603 aa  55.5  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  20.8 
 
 		 661 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.33 
 
 		 699 aa  55.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  20.28 
 
 		 661 aa  54.7  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  23.4 
 
 		 670 aa  54.3  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  21.97 
 
 		 660 aa  53.9  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  22.95 
 
 		 548 aa  53.9  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  22.74 
 
 		 573 aa  53.5  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.46 
 
 		 576 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  20.23 
 
 		 661 aa  52.4  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  21.96 
 
 		 592 aa  53.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  21.77 
 
 		 583 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  21.71 
 
 		 662 aa  52  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  24.71 
 
 		 762 aa  51.6  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  22.25 
 
 		 663 aa  51.2  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  23.97 
 
 		 626 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  19.62 
 
 		 641 aa  50.8  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.82 
 
 		 575 aa  50.8  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.76 
 
 		 593 aa  50.8  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  21.69 
 
 		 662 aa  50.4  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.37 
 
 		 471 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  22.51 
 
 		 676 aa  50.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  21 
 
 		 594 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  21.38 
 
 		 665 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 687 aa  49.3  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  20.87 
 
 		 758 aa  49.3  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  21.34 
 
 		 661 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  20.14 
 
 		 666 aa  49.3  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  26.61 
 
 		 511 aa  49.3  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  22.14 
 
 		 663 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  21.15 
 
 		 559 aa  48.9  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  20.46 
 
 		 666 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  20.89 
 
 		 699 aa  47.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  27.22 
 
 		 509 aa  47.4  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  21.38 
 
 		 661 aa  47  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  20.15 
 
 		 823 aa  47  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  22.09 
 
 		 661 aa  46.6  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  20.56 
 
 		 674 aa  46.2  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  20.45 
 
 		 658 aa  46.2  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  20.14 
 
 		 666 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  20.88 
 
 		 660 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  19.57 
 
 		 695 aa  45.8  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  21.83 
 
 		 897 aa  45.4  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3157  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.49 
 
 		 332 aa  45.8  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.104836  normal  0.929615 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  23.63 
 
 		 634 aa  45.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  24.38 
 
 		 668 aa  44.7  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  22.17 
 
 		 557 aa  44.7  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  22.17 
 
 		 570 aa  44.7  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  36 
 
 		 661 aa  44.7  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>