113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4706 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  100 
 
 		 490 aa  999    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  64.48 
 
 		 453 aa  556  1e-157  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  61.83 
 
 		 506 aa  526  1e-148  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  63.41 
 
 		 636 aa  514  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  35.56 
 
 		 592 aa  215  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  35.56 
 
 		 592 aa  216  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  31.55 
 
 		 594 aa  179  8e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.53 
 
 		 587 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.52 
 
 		 621 aa  173  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  27.43 
 
 		 634 aa  168  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  31.94 
 
 		 594 aa  164  2.0000000000000002e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.08 
 
 		 611 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  26.16 
 
 		 613 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  28.32 
 
 		 591 aa  123  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  28.45 
 
 		 589 aa  114  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  26.82 
 
 		 589 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  28.41 
 
 		 590 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  23.96 
 
 		 583 aa  97.4  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  28.7 
 
 		 598 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.33 
 
 		 656 aa  89  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  25.28 
 
 		 604 aa  85.5  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.75 
 
 		 562 aa  74.3  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  27.27 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  23.3 
 
 		 594 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  23.9 
 
 		 602 aa  71.2  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.57 
 
 		 593 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 661 aa  67.4  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24.47 
 
 		 669 aa  66.6  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  24.11 
 
 		 583 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.11 
 
 		 662 aa  65.9  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.52 
 
 		 576 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.04 
 
 		 659 aa  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  22.98 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25 
 
 		 471 aa  63.9  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  23.39 
 
 		 662 aa  63.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  24.76 
 
 		 570 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.02 
 
 		 575 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 674 aa  62.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.74 
 
 		 648 aa  62.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  23.74 
 
 		 660 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  23.79 
 
 		 687 aa  61.6  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 661 aa  61.6  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.71 
 
 		 690 aa  60.8  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.75 
 
 		 666 aa  60.1  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  23.63 
 
 		 665 aa  60.1  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  24.28 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24.28 
 
 		 557 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 659 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.26 
 
 		 660 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  23.65 
 
 		 678 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  22.91 
 
 		 661 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.6 
 
 		 664 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.17 
 
 		 660 aa  57.8  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  22.72 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  22.72 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.6 
 
 		 676 aa  57.8  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 666 aa  57.4  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.52 
 
 		 661 aa  57.4  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.26 
 
 		 573 aa  57.4  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.39 
 
 		 700 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  24.28 
 
 		 608 aa  55.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  22.01 
 
 		 664 aa  55.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 661 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  23.11 
 
 		 663 aa  55.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  23.11 
 
 		 663 aa  55.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.76 
 
 		 713 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.78 
 
 		 699 aa  54.7  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  28.92 
 
 		 509 aa  54.7  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  28.57 
 
 		 760 aa  54.3  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  23.12 
 
 		 912 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  21.52 
 
 		 663 aa  53.9  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.27 
 
 		 699 aa  53.9  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.44 
 
 		 662 aa  53.5  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  22.49 
 
 		 660 aa  53.5  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.66 
 
 		 695 aa  53.5  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  21.84 
 
 		 665 aa  53.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  21.67 
 
 		 677 aa  53.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.03 
 
 		 651 aa  53.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  21.72 
 
 		 661 aa  52.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  21.89 
 
 		 666 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  23.62 
 
 		 663 aa  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  24.6 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  20.7 
 
 		 666 aa  52.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  20.57 
 
 		 668 aa  51.2  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  21.64 
 
 		 673 aa  51.2  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  21.64 
 
 		 670 aa  51.2  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25 
 
 		 554 aa  51.2  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  21.61 
 
 		 664 aa  51.2  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  22.9 
 
 		 687 aa  50.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.74 
 
 		 678 aa  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  21.39 
 
 		 666 aa  49.7  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  21.43 
 
 		 675 aa  49.3  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  21.61 
 
 		 669 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  21.38 
 
 		 669 aa  48.9  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  21.34 
 
 		 669 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  23.17 
 
 		 579 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.35 
 
 		 723 aa  49.3  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  21.43 
 
 		 667 aa  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.58 
 
 		 670 aa  47.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  20.62 
 
 		 663 aa  47.4  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>