125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1381 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  59.97 
 
 		 690 aa  677    Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 656 aa  1282    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.75 
 
 		 562 aa  140  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28 
 
 		 611 aa  121  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  29.19 
 
 		 634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  26.25 
 
 		 613 aa  97.4  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.89 
 
 		 621 aa  97.4  8e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.95 
 
 		 592 aa  95.5  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.95 
 
 		 592 aa  94.7  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.09 
 
 		 587 aa  93.6  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.33 
 
 		 490 aa  89  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  29.16 
 
 		 604 aa  87  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.19 
 
 		 687 aa  84.7  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 700 aa  82  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 666 aa  81.3  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  29.82 
 
 		 598 aa  80.5  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  22.72 
 
 		 723 aa  80.1  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 660 aa  80.1  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.27 
 
 		 665 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  24.34 
 
 		 676 aa  79  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.18 
 
 		 663 aa  78.2  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 664 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 674 aa  77.4  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  23.16 
 
 		 660 aa  77  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  26.89 
 
 		 602 aa  76.6  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  22.99 
 
 		 660 aa  76.6  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  27.19 
 
 		 594 aa  76.6  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.12 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.75 
 
 		 678 aa  75.1  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.3 
 
 		 661 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.01 
 
 		 659 aa  75.5  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 669 aa  73.9  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.12 
 
 		 662 aa  73.9  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.47 
 
 		 661 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.82 
 
 		 661 aa  73.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.17 
 
 		 667 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  22.22 
 
 		 699 aa  72.4  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  25.5 
 
 		 656 aa  72.4  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.01 
 
 		 666 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.01 
 
 		 665 aa  71.6  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.57 
 
 		 662 aa  71.2  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  26.68 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  21.4 
 
 		 665 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23.01 
 
 		 669 aa  70.5  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.94 
 
 		 669 aa  70.5  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.96 
 
 		 633 aa  70.5  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.78 
 
 		 664 aa  70.5  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.48 
 
 		 663 aa  70.1  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.38 
 
 		 666 aa  70.1  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  22.57 
 
 		 670 aa  70.1  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.57 
 
 		 673 aa  69.3  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.2 
 
 		 699 aa  69.3  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.3 
 
 		 666 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.34 
 
 		 661 aa  68.6  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 573 aa  68.2  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.61 
 
 		 665 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.62 
 
 		 648 aa  67.8  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  22.48 
 
 		 669 aa  67.8  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.61 
 
 		 666 aa  67.4  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.42 
 
 		 670 aa  67.4  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.09 
 
 		 695 aa  67.4  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.43 
 
 		 678 aa  67.4  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.92 
 
 		 636 aa  66.6  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  21.65 
 
 		 660 aa  67  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 659 aa  67  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.06 
 
 		 661 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  22.14 
 
 		 675 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.01 
 
 		 668 aa  65.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  20.93 
 
 		 672 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  21.43 
 
 		 630 aa  65.1  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  21.56 
 
 		 658 aa  65.1  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  27.38 
 
 		 594 aa  65.1  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  24.31 
 
 		 633 aa  64.7  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.24 
 
 		 664 aa  64.7  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  22.41 
 
 		 664 aa  64.7  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  23.79 
 
 		 506 aa  64.3  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  23.12 
 
 		 670 aa  63.9  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  22.35 
 
 		 662 aa  62.4  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  24.25 
 
 		 589 aa  62.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.86 
 
 		 576 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  22.27 
 
 		 583 aa  60.8  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  24.27 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.18 
 
 		 453 aa  60.1  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  21.17 
 
 		 756 aa  60.1  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  21.73 
 
 		 687 aa  59.7  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  23.21 
 
 		 626 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  21.66 
 
 		 627 aa  58.9  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  22.39 
 
 		 668 aa  57.8  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  21.47 
 
 		 823 aa  57.8  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  20.87 
 
 		 641 aa  57  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.44 
 
 		 561 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  20.72 
 
 		 723 aa  55.8  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.1 
 
 		 471 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  24.25 
 
 		 663 aa  56.2  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  20.28 
 
 		 661 aa  55.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.45 
 
 		 548 aa  55.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  24.83 
 
 		 655 aa  55.8  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>