117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2246 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 506 aa  1014    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  68.47 
 
 		 636 aa  570  1e-161  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  66.82 
 
 		 453 aa  553  1e-156  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  61.83 
 
 		 490 aa  526  1e-148  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.69 
 
 		 592 aa  177  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.69 
 
 		 592 aa  177  6e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  28.9 
 
 		 634 aa  170  4e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.33 
 
 		 587 aa  157  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  32.2 
 
 		 594 aa  155  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  29.5 
 
 		 613 aa  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.66 
 
 		 621 aa  153  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  31.54 
 
 		 594 aa  142  9.999999999999999e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.19 
 
 		 611 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  30.09 
 
 		 591 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  26.16 
 
 		 589 aa  99  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  27.89 
 
 		 589 aa  98.2  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  28.48 
 
 		 598 aa  95.5  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  24.72 
 
 		 583 aa  92.4  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  27.32 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  27.91 
 
 		 602 aa  86.3  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  24.63 
 
 		 604 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.51 
 
 		 593 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.71 
 
 		 562 aa  67.4  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  25.64 
 
 		 576 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  22.92 
 
 		 594 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  27.69 
 
 		 557 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  27.69 
 
 		 570 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.79 
 
 		 656 aa  64.3  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  27.69 
 
 		 570 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  24.21 
 
 		 633 aa  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  25.64 
 
 		 583 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  23.51 
 
 		 638 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  23.51 
 
 		 638 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.81 
 
 		 633 aa  62.4  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  23.44 
 
 		 678 aa  60.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  25.41 
 
 		 663 aa  59.7  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.48 
 
 		 575 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  26 
 
 		 610 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  26.13 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.24 
 
 		 699 aa  58.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.28 
 
 		 699 aa  57.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 662 aa  57  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  25.19 
 
 		 399 aa  56.6  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  24.62 
 
 		 598 aa  55.5  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  24.75 
 
 		 603 aa  55.1  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.68 
 
 		 760 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.63 
 
 		 713 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.6 
 
 		 662 aa  54.7  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.78 
 
 		 695 aa  53.9  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  27.47 
 
 		 509 aa  53.5  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  23.65 
 
 		 912 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  24.94 
 
 		 608 aa  52.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.94 
 
 		 648 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.72 
 
 		 548 aa  52  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  24.76 
 
 		 687 aa  51.6  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 666 aa  51.6  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.43 
 
 		 471 aa  51.2  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.61 
 
 		 664 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 661 aa  50.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  30.34 
 
 		 682 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.72 
 
 		 840 aa  50.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  22.22 
 
 		 661 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.24 
 
 		 661 aa  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  23.68 
 
 		 690 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 665 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 661 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  28.22 
 
 		 590 aa  49.3  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 660 aa  49.3  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  30.2 
 
 		 678 aa  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  22.38 
 
 		 669 aa  48.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  22.43 
 
 		 665 aa  47.8  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.04 
 
 		 660 aa  47.8  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  26.42 
 
 		 673 aa  47.8  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  21.98 
 
 		 606 aa  47.4  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  21.67 
 
 		 660 aa  47  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 708 aa  47.4  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  22.56 
 
 		 659 aa  47  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  21.72 
 
 		 897 aa  47  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 666 aa  47  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 674 aa  47  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.2 
 
 		 664 aa  46.2  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 664 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  23.48 
 
 		 935 aa  46.2  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.27 
 
 		 669 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 707 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  26.03 
 
 		 627 aa  46.6  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  20.38 
 
 		 648 aa  45.8  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  21.74 
 
 		 663 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  21.92 
 
 		 663 aa  45.8  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  21.92 
 
 		 663 aa  45.8  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.62 
 
 		 659 aa  45.8  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.12 
 
 		 673 aa  45.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  22.43 
 
 		 669 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  27.17 
 
 		 648 aa  45.8  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  23.08 
 
 		 677 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.04 
 
 		 668 aa  45.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>