119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0689 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 636 aa  1230    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  67.91 
 
 		 506 aa  600  1e-170  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  70.57 
 
 		 453 aa  589  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  63 
 
 		 490 aa  545  1e-154  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  28.9 
 
 		 634 aa  210  6e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  33.7 
 
 		 592 aa  195  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  34.43 
 
 		 592 aa  194  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  32.05 
 
 		 594 aa  176  9.999999999999999e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  35.19 
 
 		 587 aa  169  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  31.48 
 
 		 613 aa  168  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.34 
 
 		 621 aa  161  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  31.72 
 
 		 594 aa  155  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.71 
 
 		 611 aa  134  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  28.95 
 
 		 591 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  28.16 
 
 		 589 aa  120  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  28.4 
 
 		 590 aa  110  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  28.02 
 
 		 589 aa  110  8.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  30.61 
 
 		 598 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  28.34 
 
 		 602 aa  93.6  9e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  27.13 
 
 		 604 aa  93.2  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  24.31 
 
 		 583 aa  82  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.89 
 
 		 656 aa  79.3  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  27.09 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24.47 
 
 		 669 aa  69.3  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.14 
 
 		 562 aa  67.4  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2245  hypothetical protein  37.16 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.58524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.71 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.73 
 
 		 674 aa  63.5  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.57 
 
 		 471 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  24.04 
 
 		 713 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.77 
 
 		 678 aa  61.6  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  28.26 
 
 		 682 aa  60.1  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.71 
 
 		 662 aa  60.1  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 661 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  23.9 
 
 		 660 aa  60.5  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  25.46 
 
 		 573 aa  59.3  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.42 
 
 		 661 aa  58.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.11 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.11 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  24.83 
 
 		 660 aa  58.9  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.14 
 
 		 663 aa  58.5  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.12 
 
 		 661 aa  58.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  25.36 
 
 		 676 aa  58.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 664 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 660 aa  57.4  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  24.82 
 
 		 666 aa  57.4  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.53 
 
 		 760 aa  57  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.58 
 
 		 666 aa  57  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 661 aa  57  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.59 
 
 		 509 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  23 
 
 		 663 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  28.07 
 
 		 608 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.12 
 
 		 648 aa  55.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.71 
 
 		 687 aa  54.7  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  24.45 
 
 		 935 aa  53.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.07 
 
 		 664 aa  52.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.59 
 
 		 659 aa  52.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  24.82 
 
 		 659 aa  52.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 664 aa  52  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  22.87 
 
 		 687 aa  51.6  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  22.75 
 
 		 633 aa  51.2  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  22.84 
 
 		 670 aa  50.8  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 666 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.28 
 
 		 661 aa  50.4  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 662 aa  50.4  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.84 
 
 		 673 aa  50.4  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 661 aa  50.4  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 661 aa  49.7  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  24.31 
 
 		 665 aa  50.1  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 665 aa  50.4  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  26.71 
 
 		 912 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.86 
 
 		 700 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  31.21 
 
 		 723 aa  50.1  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  21.88 
 
 		 651 aa  49.3  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1575  hypothetical protein  37.91 
 
 		 151 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.88 
 
 		 668 aa  49.3  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  22.51 
 
 		 666 aa  49.3  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  30.32 
 
 		 638 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  30.32 
 
 		 638 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.12 
 
 		 699 aa  49.3  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  20.49 
 
 		 630 aa  48.5  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.65 
 
 		 662 aa  48.9  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.61 
 
 		 669 aa  48.9  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  22.27 
 
 		 633 aa  48.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  29.82 
 
 		 602 aa  48.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  26.4 
 
 		 570 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  27.14 
 
 		 610 aa  48.1  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.3 
 
 		 678 aa  47.8  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  26.4 
 
 		 570 aa  47.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.63 
 
 		 604 aa  47.8  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  26.4 
 
 		 557 aa  47.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  22.8 
 
 		 690 aa  47.4  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  26.77 
 
 		 583 aa  47.4  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  21.89 
 
 		 665 aa  47.4  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  21.91 
 
 		 675 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.33 
 
 		 840 aa  46.6  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  22.69 
 
 		 669 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  22.78 
 
 		 667 aa  46.6  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  22.38 
 
 		 669 aa  46.2  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>