75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0452 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 621 aa  1217    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  39.72 
 
 		 592 aa  338  1.9999999999999998e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  39.1 
 
 		 592 aa  329  1.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  37.21 
 
 		 594 aa  299  1e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  37.9 
 
 		 587 aa  290  6e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  37.9 
 
 		 594 aa  286  5.999999999999999e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  33.55 
 
 		 634 aa  256  1.0000000000000001e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  30.85 
 
 		 613 aa  191  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.91 
 
 		 611 aa  191  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.72 
 
 		 490 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.51 
 
 		 506 aa  167  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.1 
 
 		 636 aa  160  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.36 
 
 		 453 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  25.05 
 
 		 604 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  26.2 
 
 		 589 aa  110  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  26.67 
 
 		 583 aa  109  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  29.95 
 
 		 591 aa  108  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  28.74 
 
 		 589 aa  108  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  28.85 
 
 		 590 aa  104  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.02 
 
 		 656 aa  100  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  27.38 
 
 		 598 aa  98.2  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  24.14 
 
 		 602 aa  93.2  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.78 
 
 		 690 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  27.41 
 
 		 399 aa  82.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.86 
 
 		 562 aa  72.4  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.31 
 
 		 669 aa  64.7  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  24.14 
 
 		 554 aa  63.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  22.18 
 
 		 606 aa  63.2  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.11 
 
 		 575 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  25.29 
 
 		 713 aa  57.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  23.12 
 
 		 606 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.95 
 
 		 670 aa  57  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  21.28 
 
 		 570 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  21.05 
 
 		 570 aa  53.9  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  21.98 
 
 		 576 aa  53.9  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  21.05 
 
 		 557 aa  53.9  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  26.35 
 
 		 569 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  26.35 
 
 		 569 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  19.91 
 
 		 699 aa  51.6  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.43 
 
 		 699 aa  51.6  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.3 
 
 		 700 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.1 
 
 		 593 aa  51.2  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  24.92 
 
 		 565 aa  51.2  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.87 
 
 		 663 aa  50.8  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  25.85 
 
 		 756 aa  50.4  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  19.52 
 
 		 695 aa  50.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  20.75 
 
 		 594 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  21.23 
 
 		 583 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  27.27 
 
 		 672 aa  49.7  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  28.57 
 
 		 509 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  25.16 
 
 		 677 aa  48.1  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.22 
 
 		 723 aa  48.1  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  28.99 
 
 		 608 aa  47.8  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.86 
 
 		 651 aa  48.1  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  21.81 
 
 		 664 aa  47.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 663 aa  47.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  28.73 
 
 		 935 aa  47.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  20.7 
 
 		 620 aa  47  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  22.46 
 
 		 912 aa  47  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0243  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.47 
 
 		 467 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00639777  decreased coverage  0.000749046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.62 
 
 		 660 aa  47  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.1 
 
 		 678 aa  45.8  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  22.86 
 
 		 687 aa  46.2  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.94 
 
 		 648 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.48 
 
 		 560 aa  46.2  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  23.6 
 
 		 661 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  25.45 
 
 		 828 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  25.45 
 
 		 809 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.16 
 
 		 661 aa  45.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  29.9 
 
 		 673 aa  45.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  25.45 
 
 		 834 aa  44.7  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 674 aa  44.7  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  21.05 
 
 		 666 aa  44.3  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  22.78 
 
 		 655 aa  44.3  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  25.5 
 
 		 561 aa  43.9  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>