141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1821 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  100 
 
 		 565 aa  1147    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  36.38 
 
 		 571 aa  325  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  33.18 
 
 		 562 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.69 
 
 		 604 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  30.42 
 
 		 665 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  28.51 
 
 		 657 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  33.26 
 
 		 509 aa  183  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.93 
 
 		 702 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.1 
 
 		 708 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.12 
 
 		 708 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.54 
 
 		 707 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.33 
 
 		 708 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.33 
 
 		 708 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.91 
 
 		 708 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.09 
 
 		 616 aa  167  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  29.44 
 
 		 672 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.94 
 
 		 629 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  29.32 
 
 		 611 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  28.61 
 
 		 760 aa  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.01 
 
 		 798 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  27.12 
 
 		 692 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  24.73 
 
 		 723 aa  141  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.66 
 
 		 578 aa  140  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.83 
 
 		 840 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.08 
 
 		 776 aa  133  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  26.14 
 
 		 768 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  26.4 
 
 		 763 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.49 
 
 		 743 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.49 
 
 		 681 aa  127  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  25.06 
 
 		 667 aa  127  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.95 
 
 		 675 aa  114  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  26.85 
 
 		 602 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  25.48 
 
 		 784 aa  89.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  24.19 
 
 		 573 aa  78.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  20.63 
 
 		 602 aa  77.4  0.0000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  24.04 
 
 		 554 aa  66.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  25.06 
 
 		 651 aa  63.9  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  21.18 
 
 		 633 aa  63.2  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.36 
 
 		 663 aa  60.1  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.08 
 
 		 561 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  22.34 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.85 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  22.68 
 
 		 675 aa  58.9  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  22.66 
 
 		 637 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.95 
 
 		 648 aa  58.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  22.66 
 
 		 637 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.68 
 
 		 668 aa  58.2  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  22.93 
 
 		 672 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  20.84 
 
 		 633 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  22.92 
 
 		 608 aa  56.6  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  21.99 
 
 		 665 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  22.16 
 
 		 626 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.9 
 
 		 699 aa  57  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 667 aa  55.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 666 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 669 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 666 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  23.6 
 
 		 678 aa  55.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.11 
 
 		 664 aa  55.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 665 aa  55.5  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  21.44 
 
 		 669 aa  55.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  22.71 
 
 		 661 aa  54.7  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  24 
 
 		 560 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  36.05 
 
 		 110 aa  54.3  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  21.69 
 
 		 670 aa  54.3  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  28.1 
 
 		 663 aa  54.3  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  31.93 
 
 		 655 aa  54.7  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.98 
 
 		 665 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  31.09 
 
 		 656 aa  53.9  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  21.25 
 
 		 634 aa  53.9  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  24.32 
 
 		 663 aa  53.5  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 669 aa  53.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 661 aa  52.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 664 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.15 
 
 		 633 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  18.35 
 
 		 628 aa  52.8  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  22.47 
 
 		 548 aa  52.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.71 
 
 		 630 aa  52  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0509  Type IV secretory pathway VirD4 protein  25.91 
 
 		 789 aa  51.6  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.453337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  22.83 
 
 		 661 aa  52  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.75 
 
 		 723 aa  51.6  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  22.89 
 
 		 670 aa  51.2  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.05 
 
 		 700 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 687 aa  51.6  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  25.77 
 
 		 569 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  25.77 
 
 		 569 aa  51.2  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 		 666 aa  51.2  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 664 aa  50.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.89 
 
 		 673 aa  50.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  31.25 
 
 		 661 aa  50.4  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  32.79 
 
 		 641 aa  50.4  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  27.08 
 
 		 588 aa  50.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  26.67 
 
 		 665 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 		 666 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 661 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 		 663 aa  50.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 		 663 aa  50.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  22.81 
 
 		 662 aa  49.3  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  23.47 
 
 		 661 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  20.26 
 
 		 644 aa  48.5  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>