119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2490 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  100 
 
 		 629 aa  1281    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  54.41 
 
 		 616 aa  581  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  28.77 
 
 		 657 aa  229  9e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  32.7 
 
 		 665 aa  207  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.88 
 
 		 708 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  24.86 
 
 		 723 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.06 
 
 		 708 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.23 
 
 		 708 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.6 
 
 		 707 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.6 
 
 		 708 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.6 
 
 		 708 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  25.42 
 
 		 611 aa  186  9e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.92 
 
 		 840 aa  183  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.71 
 
 		 702 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.9 
 
 		 776 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.94 
 
 		 509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  28.97 
 
 		 760 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  31.27 
 
 		 768 aa  180  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.42 
 
 		 571 aa  179  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  30.35 
 
 		 763 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  21.84 
 
 		 743 aa  173  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.27 
 
 		 681 aa  171  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.72 
 
 		 578 aa  170  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.01 
 
 		 798 aa  166  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  28.94 
 
 		 565 aa  163  8.000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  24.47 
 
 		 692 aa  159  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  24.46 
 
 		 667 aa  152  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  26.68 
 
 		 562 aa  144  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.67 
 
 		 604 aa  140  6e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.22 
 
 		 672 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  28.86 
 
 		 602 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.8 
 
 		 675 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  25.7 
 
 		 784 aa  93.6  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  27.93 
 
 		 573 aa  87.4  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  26.82 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  24.87 
 
 		 569 aa  75.1  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  24.37 
 
 		 569 aa  69.7  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.58 
 
 		 699 aa  65.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.41 
 
 		 602 aa  64.7  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.66 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  27.67 
 
 		 608 aa  57.8  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  21.33 
 
 		 648 aa  57.8  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.36 
 
 		 633 aa  57.4  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  30.23 
 
 		 588 aa  57.4  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  20.84 
 
 		 695 aa  57  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.06 
 
 		 629 aa  57  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  23.14 
 
 		 682 aa  56.2  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  21.63 
 
 		 625 aa  55.1  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 660 aa  54.7  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  24.71 
 
 		 656 aa  54.7  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  23.85 
 
 		 562 aa  54.3  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  31.71 
 
 		 673 aa  53.9  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  25.58 
 
 		 655 aa  53.5  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  25 
 
 		 610 aa  52.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  21.98 
 
 		 666 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  31.31 
 
 		 639 aa  52  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.84 
 
 		 668 aa  51.6  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  23.59 
 
 		 665 aa  51.6  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  26.85 
 
 		 590 aa  51.2  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  28.16 
 
 		 674 aa  51.2  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  24.14 
 
 		 666 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 669 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  27.42 
 
 		 654 aa  50.8  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 675 aa  49.3  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  22.95 
 
 		 661 aa  49.7  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  30.53 
 
 		 575 aa  49.3  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  22.83 
 
 		 665 aa  49.3  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  22.71 
 
 		 667 aa  49.7  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 665 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  23.7 
 
 		 661 aa  49.7  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.21 
 
 		 669 aa  49.7  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  22.35 
 
 		 672 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  28.57 
 
 		 627 aa  48.9  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.7 
 
 		 664 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.78 
 
 		 664 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  20.8 
 
 		 678 aa  48.9  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  22.89 
 
 		 663 aa  48.9  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.09 
 
 		 669 aa  48.9  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  27.91 
 
 		 661 aa  48.1  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  27.07 
 
 		 641 aa  48.1  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 663 aa  48.1  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 666 aa  48.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  27.66 
 
 		 663 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.34 
 
 		 666 aa  47.8  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  27.66 
 
 		 580 aa  47.4  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.15 
 
 		 666 aa  47.4  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.03 
 
 		 660 aa  47.4  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  22.47 
 
 		 662 aa  47.4  0.0009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  21.88 
 
 		 714 aa  47  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  26.67 
 
 		 682 aa  47  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  22.98 
 
 		 662 aa  46.6  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0816  hypothetical protein  32.81 
 
 		 452 aa  46.6  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.723695  normal  0.916322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  22.7 
 
 		 661 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  23.22 
 
 		 670 aa  46.6  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  20.42 
 
 		 902 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0509  Type IV secretory pathway VirD4 protein  22.36 
 
 		 789 aa  46.6  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.453337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 664 aa  46.2  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 665 aa  46.2  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  27.86 
 
 		 638 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  27.86 
 
 		 638 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>