55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7305 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  100 
 
 		 573 aa  1164    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  31.26 
 
 		 602 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  30.6 
 
 		 784 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  28.29 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.93 
 
 		 629 aa  87  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  26.2 
 
 		 665 aa  86.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.2 
 
 		 702 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  22.96 
 
 		 672 aa  80.5  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.2 
 
 		 708 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.2 
 
 		 707 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.2 
 
 		 708 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.2 
 
 		 708 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.2 
 
 		 708 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  24.19 
 
 		 565 aa  78.6  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.86 
 
 		 708 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.04 
 
 		 616 aa  77.8  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  24.92 
 
 		 723 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  23.91 
 
 		 571 aa  76.3  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  24.84 
 
 		 611 aa  75.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  24.38 
 
 		 763 aa  74.3  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.55 
 
 		 840 aa  73.6  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  22.83 
 
 		 692 aa  72  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  22.51 
 
 		 768 aa  70.9  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  23.08 
 
 		 657 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.21 
 
 		 743 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  23.96 
 
 		 760 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  24.61 
 
 		 562 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.21 
 
 		 681 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.11 
 
 		 578 aa  63.9  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.51 
 
 		 604 aa  61.2  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 666 aa  56.6  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  19.53 
 
 		 776 aa  52  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  27.52 
 
 		 665 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25.38 
 
 		 661 aa  49.7  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.41 
 
 		 602 aa  50.1  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  26.95 
 
 		 666 aa  47.8  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  26.65 
 
 		 661 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.15 
 
 		 687 aa  47.4  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  26.36 
 
 		 663 aa  47  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  26.36 
 
 		 663 aa  47  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  25.91 
 
 		 662 aa  47  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.78 
 
 		 665 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.53 
 
 		 798 aa  46.6  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  20.1 
 
 		 667 aa  45.8  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 660 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  27.58 
 
 		 661 aa  45.4  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  26.73 
 
 		 659 aa  45.4  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  26.89 
 
 		 660 aa  45.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.61 
 
 		 661 aa  44.7  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 676 aa  44.7  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 674 aa  45.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  24.81 
 
 		 675 aa  44.7  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  25.83 
 
 		 659 aa  44.7  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  25.64 
 
 		 666 aa  44.3  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.78 
 
 		 663 aa  43.9  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>