134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_4425 on replicon NC_011668
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  97.01 
 
 		 708 aa  1397    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  100 
 
 		 707 aa  1473    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  98.15 
 
 		 708 aa  1442    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  98.44 
 
 		 708 aa  1446    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  98.01 
 
 		 708 aa  1437    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  98.58 
 
 		 708 aa  1449    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  58.07 
 
 		 692 aa  803    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  45.33 
 
 		 611 aa  506  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  39.33 
 
 		 723 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  40.69 
 
 		 840 aa  434  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.4 
 
 		 743 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.06 
 
 		 681 aa  395  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  36.3 
 
 		 667 aa  378  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  36.96 
 
 		 760 aa  270  8e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  32.16 
 
 		 657 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  28.4 
 
 		 665 aa  260  6e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.44 
 
 		 776 aa  255  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.79 
 
 		 702 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  27.96 
 
 		 763 aa  243  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  28.1 
 
 		 768 aa  241  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.32 
 
 		 798 aa  228  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  27.87 
 
 		 571 aa  190  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.6 
 
 		 629 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.15 
 
 		 616 aa  184  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.73 
 
 		 578 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.16 
 
 		 509 aa  172  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.36 
 
 		 604 aa  168  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  28.96 
 
 		 565 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  26.01 
 
 		 672 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  26.84 
 
 		 562 aa  145  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  26.53 
 
 		 602 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.97 
 
 		 675 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.4 
 
 		 784 aa  103  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  36.75 
 
 		 231 aa  94.4  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  23.2 
 
 		 573 aa  79.7  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.81 
 
 		 651 aa  77.4  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  29.24 
 
 		 569 aa  67.4  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  26.32 
 
 		 608 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  29.24 
 
 		 569 aa  67  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.09 
 
 		 648 aa  63.5  0.00000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  28.67 
 
 		 588 aa  63.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  20.93 
 
 		 633 aa  60.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  21.84 
 
 		 714 aa  60.5  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  28.26 
 
 		 610 aa  60.5  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  24.4 
 
 		 648 aa  58.5  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.27 
 
 		 648 aa  58.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  28.67 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  28.67 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0886  hypothetical protein  28.74 
 
 		 597 aa  58.2  0.0000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.309534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 660 aa  57.4  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  23.94 
 
 		 502 aa  56.6  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  22.31 
 
 		 661 aa  57  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.69 
 
 		 660 aa  57  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  25.3 
 
 		 655 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  21.74 
 
 		 723 aa  56.2  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 662 aa  56.2  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  22.18 
 
 		 625 aa  56.6  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  31.4 
 
 		 453 aa  55.8  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.66 
 
 		 666 aa  55.5  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.52 
 
 		 687 aa  54.7  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  23.66 
 
 		 665 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  21.94 
 
 		 633 aa  53.5  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.74 
 
 		 661 aa  53.9  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  21.77 
 
 		 641 aa  52.8  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  23.65 
 
 		 687 aa  53.1  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  32.03 
 
 		 723 aa  52.8  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.54 
 
 		 678 aa  53.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  29.85 
 
 		 756 aa  52.8  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.04 
 
 		 664 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.02 
 
 		 664 aa  52.4  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  23.31 
 
 		 660 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  29.9 
 
 		 668 aa  51.6  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.16 
 
 		 661 aa  51.6  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.06 
 
 		 665 aa  51.2  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  26.79 
 
 		 660 aa  51.2  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  28.78 
 
 		 606 aa  50.8  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  21.85 
 
 		 663 aa  51.2  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  21.85 
 
 		 663 aa  51.2  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  21.78 
 
 		 637 aa  50.8  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  21.78 
 
 		 637 aa  50.8  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  21.8 
 
 		 661 aa  50.8  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  26.52 
 
 		 669 aa  50.8  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  29.9 
 
 		 667 aa  50.8  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  29.9 
 
 		 670 aa  50.8  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  29.35 
 
 		 110 aa  50.4  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.23 
 
 		 675 aa  50.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  23.23 
 
 		 666 aa  50.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.32 
 
 		 633 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 670 aa  50.4  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  26.02 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  29.03 
 
 		 606 aa  50.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.07 
 
 		 602 aa  49.7  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 663 aa  49.3  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  21.78 
 
 		 634 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23.39 
 
 		 669 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  22.39 
 
 		 662 aa  49.7  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.01 
 
 		 669 aa  49.3  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 664 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 664 aa  49.3  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  20.91 
 
 		 713 aa  48.9  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>