56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0011 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  100 
 
 		 723 aa  1508    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  49.6 
 
 		 743 aa  731    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  59.82 
 
 		 681 aa  581  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  42.97 
 
 		 840 aa  532  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  40.83 
 
 		 611 aa  466  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.33 
 
 		 707 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.33 
 
 		 708 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.33 
 
 		 708 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.5 
 
 		 708 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.16 
 
 		 708 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  39.16 
 
 		 708 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  38.49 
 
 		 692 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  31.55 
 
 		 667 aa  323  6e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  29.45 
 
 		 657 aa  272  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.99 
 
 		 702 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  29.55 
 
 		 665 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  32.39 
 
 		 768 aa  258  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  33.41 
 
 		 763 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.86 
 
 		 760 aa  243  9e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.91 
 
 		 776 aa  240  8e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.14 
 
 		 798 aa  217  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.37 
 
 		 616 aa  190  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.18 
 
 		 629 aa  188  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  32.84 
 
 		 509 aa  183  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  27.29 
 
 		 571 aa  171  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.29 
 
 		 604 aa  153  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.46 
 
 		 578 aa  151  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  30.22 
 
 		 562 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.06 
 
 		 565 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.18 
 
 		 675 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  23.45 
 
 		 672 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.46 
 
 		 602 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.38 
 
 		 784 aa  90.5  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  23.44 
 
 		 573 aa  77  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  23.87 
 
 		 682 aa  62.8  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  20.87 
 
 		 602 aa  59.3  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  24.14 
 
 		 610 aa  57  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  27.39 
 
 		 569 aa  56.6  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  27.39 
 
 		 569 aa  56.6  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  20 
 
 		 699 aa  53.9  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.43 
 
 		 699 aa  53.5  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  25 
 
 		 608 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  29.1 
 
 		 638 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  29.1 
 
 		 638 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  22.83 
 
 		 502 aa  49.3  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  32.47 
 
 		 588 aa  48.9  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  20.43 
 
 		 695 aa  48.5  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.14 
 
 		 678 aa  48.1  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  28.12 
 
 		 628 aa  47.4  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  29.86 
 
 		 606 aa  47  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  25.63 
 
 		 626 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0886  hypothetical protein  31.06 
 
 		 597 aa  46.2  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.309534 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  26.38 
 
 		 606 aa  46.6  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  31.51 
 
 		 110 aa  45.4  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.62 
 
 		 648 aa  45.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  28.57 
 
 		 511 aa  45.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>