156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1026 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  100 
 
 		 657 aa  1336    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  33.79 
 
 		 665 aa  300  6e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  30.89 
 
 		 611 aa  275  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  29.69 
 
 		 723 aa  270  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.17 
 
 		 702 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  33.2 
 
 		 743 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  30.46 
 
 		 692 aa  265  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.76 
 
 		 708 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  32.27 
 
 		 708 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  32.16 
 
 		 707 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.6 
 
 		 708 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.6 
 
 		 708 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.87 
 
 		 708 aa  259  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  32.79 
 
 		 681 aa  256  9e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.53 
 
 		 840 aa  253  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  32.74 
 
 		 667 aa  236  7e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.77 
 
 		 629 aa  229  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.48 
 
 		 776 aa  226  8e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  29.77 
 
 		 571 aa  224  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  29.34 
 
 		 760 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  27.02 
 
 		 763 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  26.98 
 
 		 768 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.07 
 
 		 616 aa  201  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.94 
 
 		 798 aa  194  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  28.51 
 
 		 565 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  27.94 
 
 		 672 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  31.63 
 
 		 509 aa  184  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  28.94 
 
 		 562 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.41 
 
 		 578 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.34 
 
 		 604 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.96 
 
 		 675 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  26.94 
 
 		 784 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.73 
 
 		 602 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  25.98 
 
 		 665 aa  87.8  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  26.08 
 
 		 669 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 666 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25.97 
 
 		 675 aa  84  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 669 aa  84  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 667 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 664 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 664 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 672 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  25.29 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 668 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  25.69 
 
 		 673 aa  82  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  25.7 
 
 		 665 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  25.57 
 
 		 669 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.76 
 
 		 670 aa  80.1  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.7 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  26.56 
 
 		 659 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  25.7 
 
 		 665 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.08 
 
 		 674 aa  77.8  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  26.15 
 
 		 661 aa  76.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  26.26 
 
 		 663 aa  75.5  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  26.26 
 
 		 663 aa  75.5  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 573 aa  75.5  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  25.9 
 
 		 662 aa  75.1  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  28.95 
 
 		 608 aa  74.7  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.38 
 
 		 678 aa  74.7  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  25.76 
 
 		 666 aa  74.7  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  23.91 
 
 		 511 aa  74.3  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  26.03 
 
 		 664 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  26.08 
 
 		 662 aa  73.2  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  25.55 
 
 		 660 aa  73.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  25.61 
 
 		 670 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.64 
 
 		 663 aa  73.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  26.02 
 
 		 659 aa  73.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  24.86 
 
 		 661 aa  72.8  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.81 
 
 		 664 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  26.41 
 
 		 661 aa  72.8  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  25.58 
 
 		 669 aa  72.8  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 		 661 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 678 aa  73.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.18 
 
 		 666 aa  72.4  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  26.01 
 
 		 661 aa  72  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  24.87 
 
 		 687 aa  72  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 661 aa  71.6  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 661 aa  71.2  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  29.32 
 
 		 660 aa  70.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25.51 
 
 		 661 aa  70.1  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.68 
 
 		 665 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  25.13 
 
 		 700 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  29.53 
 
 		 660 aa  68.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  23.08 
 
 		 573 aa  68.2  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  25.22 
 
 		 687 aa  67.4  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.94 
 
 		 663 aa  66.6  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.71 
 
 		 695 aa  67  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  25.75 
 
 		 662 aa  65.5  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.37 
 
 		 676 aa  65.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  30.83 
 
 		 562 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  27.1 
 
 		 588 aa  63.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  23.43 
 
 		 569 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.92 
 
 		 723 aa  63.5  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  23.6 
 
 		 699 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  27.88 
 
 		 666 aa  63.2  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  23.17 
 
 		 569 aa  62.4  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  22.78 
 
 		 648 aa  61.6  0.00000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  23.9 
 
 		 660 aa  61.2  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  22.25 
 
 		 455 aa  60.8  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  23.53 
 
 		 682 aa  59.7  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>