59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_p840_20 on replicon NC_011311
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  62.4 
 
 		 707 aa  796    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  61.91 
 
 		 708 aa  789    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  61.59 
 
 		 708 aa  785    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  100 
 
 		 692 aa  1441    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  62.24 
 
 		 708 aa  794    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  61.91 
 
 		 708 aa  790    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  62.07 
 
 		 708 aa  791    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  46.04 
 
 		 611 aa  489  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  38.49 
 
 		 723 aa  415  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  38.01 
 
 		 743 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  37.79 
 
 		 840 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  41.97 
 
 		 681 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  37.54 
 
 		 667 aa  371  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  30.46 
 
 		 657 aa  265  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  31.54 
 
 		 760 aa  261  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  27.65 
 
 		 665 aa  253  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.77 
 
 		 776 aa  234  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.11 
 
 		 702 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  32.92 
 
 		 763 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  32.43 
 
 		 768 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.72 
 
 		 798 aa  187  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.84 
 
 		 571 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.52 
 
 		 616 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.38 
 
 		 509 aa  160  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.47 
 
 		 629 aa  159  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.99 
 
 		 604 aa  152  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.24 
 
 		 578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.5 
 
 		 672 aa  148  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  27.12 
 
 		 565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.6 
 
 		 675 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  25.56 
 
 		 562 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.81 
 
 		 602 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  26.08 
 
 		 784 aa  90.1  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  22.83 
 
 		 573 aa  72  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  26.63 
 
 		 608 aa  69.3  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  31.45 
 
 		 588 aa  63.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  21.63 
 
 		 651 aa  60.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  26.63 
 
 		 569 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  29.25 
 
 		 638 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  29.25 
 
 		 638 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  26.63 
 
 		 569 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  23.22 
 
 		 502 aa  56.2  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  31.87 
 
 		 110 aa  55.1  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  19.55 
 
 		 602 aa  54.7  0.000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.7 
 
 		 633 aa  50.4  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  27.85 
 
 		 606 aa  49.3  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3760  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  21.53 
 
 		 658 aa  45.8  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195316  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  25.93 
 
 		 828 aa  45.4  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  22.69 
 
 		 662 aa  45.8  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  30.51 
 
 		 453 aa  45.8  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  26.8 
 
 		 610 aa  45.8  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  25.93 
 
 		 809 aa  45.4  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  25.93 
 
 		 834 aa  45.4  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4381  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  21.6 
 
 		 662 aa  45.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0399338  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  31.06 
 
 		 661 aa  45.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0886  hypothetical protein  29.77 
 
 		 597 aa  44.7  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.309534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 660 aa  44.7  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.28 
 
 		 678 aa  44.7  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  22.66 
 
 		 658 aa  44.3  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>