83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2425 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  100 
 
 		 616 aa  1264    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  52.33 
 
 		 629 aa  595  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  32.47 
 
 		 665 aa  208  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  31.07 
 
 		 657 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  27.2 
 
 		 723 aa  190  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.98 
 
 		 708 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.75 
 
 		 708 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.56 
 
 		 707 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.75 
 
 		 708 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.75 
 
 		 708 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.48 
 
 		 708 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  28.21 
 
 		 760 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.98 
 
 		 840 aa  175  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.17 
 
 		 743 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.97 
 
 		 702 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.56 
 
 		 681 aa  173  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  30.57 
 
 		 565 aa  172  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.47 
 
 		 571 aa  172  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  24.08 
 
 		 611 aa  172  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.66 
 
 		 776 aa  171  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  24.71 
 
 		 692 aa  170  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.23 
 
 		 509 aa  164  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  29.41 
 
 		 768 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  26.76 
 
 		 672 aa  159  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.58 
 
 		 578 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  28.93 
 
 		 763 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  25.23 
 
 		 667 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.23 
 
 		 798 aa  148  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  28.1 
 
 		 562 aa  145  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.27 
 
 		 604 aa  121  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.84 
 
 		 675 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  25.59 
 
 		 602 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.94 
 
 		 784 aa  80.1  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  24.04 
 
 		 573 aa  77.4  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.1 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  23.5 
 
 		 699 aa  74.7  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.61 
 
 		 602 aa  68.2  0.0000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.78 
 
 		 678 aa  66.6  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  23.55 
 
 		 502 aa  66.2  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  22.78 
 
 		 699 aa  65.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  22.53 
 
 		 663 aa  62.4  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.9 
 
 		 695 aa  59.7  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  23.24 
 
 		 682 aa  57.4  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  27.49 
 
 		 569 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  29.92 
 
 		 610 aa  56.2  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  27.49 
 
 		 569 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  26.59 
 
 		 588 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  26.44 
 
 		 608 aa  54.3  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  21.51 
 
 		 511 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  32.99 
 
 		 665 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  36.78 
 
 		 639 aa  51.6  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  28.8 
 
 		 663 aa  51.2  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  24.06 
 
 		 637 aa  50.8  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  29.89 
 
 		 639 aa  50.4  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  31.46 
 
 		 625 aa  50.4  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  22.7 
 
 		 902 aa  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  22.13 
 
 		 598 aa  50.4  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  28.23 
 
 		 655 aa  49.3  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  34.48 
 
 		 654 aa  49.7  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  22.09 
 
 		 648 aa  48.9  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  23.72 
 
 		 562 aa  48.5  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 656 aa  48.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 674 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  28.57 
 
 		 661 aa  47.8  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  22.56 
 
 		 635 aa  47.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  30.12 
 
 		 627 aa  47.4  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.4 
 
 		 629 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1112  Type IV secretory pathway, VirD4 component  22.7 
 
 		 1006 aa  47  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  42.86 
 
 		 682 aa  47  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  21.45 
 
 		 641 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2122  TraG family protein  22.19 
 
 		 464 aa  46.2  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  24.58 
 
 		 554 aa  45.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  28.08 
 
 		 590 aa  45.4  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  25.61 
 
 		 606 aa  45.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  26.95 
 
 		 638 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  26.95 
 
 		 638 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  28.57 
 
 		 673 aa  44.7  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  18.75 
 
 		 633 aa  44.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.47 
 
 		 562 aa  44.3  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  31.25 
 
 		 606 aa  43.9  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2221  hypothetical protein  30.84 
 
 		 497 aa  43.9  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.323648 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0349  protein of unknown function DUF87  25.53 
 
 		 540 aa  43.9  0.009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  21.7 
 
 		 661 aa  43.5  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>