69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2184 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 798 aa  1638    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  48.61 
 
 		 763 aa  584  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  44.37 
 
 		 776 aa  578  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  48.2 
 
 		 768 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  27.64 
 
 		 665 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.57 
 
 		 708 aa  230  8e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.57 
 
 		 708 aa  230  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.49 
 
 		 708 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.57 
 
 		 708 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.57 
 
 		 708 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.32 
 
 		 707 aa  226  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.27 
 
 		 702 aa  221  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  27.14 
 
 		 723 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.83 
 
 		 743 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.48 
 
 		 760 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.33 
 
 		 681 aa  211  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  31.16 
 
 		 611 aa  206  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.41 
 
 		 840 aa  203  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  28.84 
 
 		 657 aa  194  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  26.72 
 
 		 692 aa  187  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  26.16 
 
 		 667 aa  184  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  31.77 
 
 		 509 aa  177  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  28.47 
 
 		 571 aa  171  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.91 
 
 		 578 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.01 
 
 		 629 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  29.59 
 
 		 562 aa  150  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.22 
 
 		 672 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.23 
 
 		 616 aa  149  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.82 
 
 		 565 aa  144  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0419  hypothetical protein  96.49 
 
 		 95 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.066219  normal  0.324774 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.35 
 
 		 604 aa  117  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  19.69 
 
 		 675 aa  91.3  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  25.54 
 
 		 784 aa  89.7  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  22.76 
 
 		 602 aa  85.1  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.98 
 
 		 602 aa  68.6  0.0000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  23.03 
 
 		 695 aa  60.8  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  23.64 
 
 		 699 aa  60.8  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  25.58 
 
 		 699 aa  59.3  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  20.23 
 
 		 569 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.94 
 
 		 678 aa  56.6  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  21.76 
 
 		 569 aa  55.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.42 
 
 		 678 aa  55.8  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  24.06 
 
 		 548 aa  53.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  24.34 
 
 		 610 aa  52.8  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  26.45 
 
 		 661 aa  52.4  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  27.91 
 
 		 673 aa  51.6  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  24.78 
 
 		 827 aa  51.2  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  22.07 
 
 		 608 aa  49.7  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0195  TraG family protein  20.16 
 
 		 457 aa  49.3  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  21.98 
 
 		 660 aa  48.9  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 687 aa  49.3  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  26.06 
 
 		 2449 aa  47.4  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  20.33 
 
 		 559 aa  47.4  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25.36 
 
 		 554 aa  47  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 638 aa  46.6  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 638 aa  46.6  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  19.66 
 
 		 714 aa  46.6  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  21.3 
 
 		 714 aa  46.2  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  25.53 
 
 		 573 aa  46.6  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  23.08 
 
 		 588 aa  45.8  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  22.62 
 
 		 668 aa  45.8  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  19.66 
 
 		 723 aa  45.8  0.003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  23.35 
 
 		 663 aa  45.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0250  TraG family protein  19.62 
 
 		 457 aa  45.4  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  25.68 
 
 		 630 aa  45.4  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0509  Type IV secretory pathway VirD4 protein  23.05 
 
 		 789 aa  45.4  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.453337 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3625  TRAG family protein  23.39 
 
 		 742 aa  45.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  22.41 
 
 		 667 aa  44.7  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.95 
 
 		 648 aa  44.3  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>