62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_E0076 on replicon NC_009790
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  100 
 
 		 681 aa  1404    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  93.71 
 
 		 743 aa  955    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  59.82 
 
 		 723 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  49.89 
 
 		 840 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  46.42 
 
 		 611 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.06 
 
 		 707 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.27 
 
 		 708 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.45 
 
 		 708 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.06 
 
 		 708 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.46 
 
 		 708 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  42.45 
 
 		 708 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  41.97 
 
 		 692 aa  384  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  40.39 
 
 		 667 aa  348  2e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  32.74 
 
 		 665 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.22 
 
 		 702 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  32.79 
 
 		 657 aa  256  9e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  31.09 
 
 		 768 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  30.8 
 
 		 760 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  30.47 
 
 		 763 aa  230  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.29 
 
 		 776 aa  213  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.6 
 
 		 798 aa  210  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  48.83 
 
 		 1428 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  48.37 
 
 		 1756 aa  188  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0079  protein TraI  49.76 
 
 		 432 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.342651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.19 
 
 		 616 aa  171  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.27 
 
 		 629 aa  172  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.28 
 
 		 509 aa  163  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  24.09 
 
 		 571 aa  148  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.11 
 
 		 604 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.12 
 
 		 578 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  27.97 
 
 		 562 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  36.27 
 
 		 1807 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  22.49 
 
 		 565 aa  127  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  22.69 
 
 		 672 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.77 
 
 		 675 aa  111  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.56 
 
 		 602 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.44 
 
 		 784 aa  93.6  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  23.21 
 
 		 573 aa  65.1  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  29.58 
 
 		 638 aa  57.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  29.58 
 
 		 638 aa  57.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  26.94 
 
 		 608 aa  58.2  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  26.09 
 
 		 569 aa  57.4  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  30.86 
 
 		 562 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 569 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  36 
 
 		 110 aa  53.9  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  22.25 
 
 		 902 aa  53.9  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  25 
 
 		 610 aa  53.1  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  28.47 
 
 		 588 aa  53.1  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.18 
 
 		 602 aa  50.4  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  31.46 
 
 		 875 aa  49.3  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  21.9 
 
 		 625 aa  46.6  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  31.33 
 
 		 612 aa  45.4  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  35.29 
 
 		 926 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.86 
 
 		 587 aa  45.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  24.24 
 
 		 506 aa  44.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  23.12 
 
 		 668 aa  45.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  30.49 
 
 		 1936 aa  44.3  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  27.78 
 
 		 606 aa  44.3  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  23.12 
 
 		 670 aa  43.9  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  23.12 
 
 		 667 aa  43.9  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  35.14 
 
 		 1035 aa  43.9  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  33.33 
 
 		 982 aa  43.9  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>