92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0652 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  100 
 
 		 602 aa  1221    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  36.04 
 
 		 784 aa  266  7e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  31.26 
 
 		 573 aa  179  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.86 
 
 		 629 aa  126  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.53 
 
 		 708 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  23.73 
 
 		 657 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.22 
 
 		 604 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.53 
 
 		 707 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.53 
 
 		 708 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.53 
 
 		 708 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.53 
 
 		 708 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  26.06 
 
 		 708 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  24.46 
 
 		 723 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  24.26 
 
 		 665 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  24.27 
 
 		 763 aa  112  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.81 
 
 		 571 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  24.93 
 
 		 768 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  26.42 
 
 		 509 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  24.81 
 
 		 692 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.59 
 
 		 616 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.26 
 
 		 578 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.41 
 
 		 565 aa  104  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.32 
 
 		 760 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.21 
 
 		 840 aa  98.6  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.06 
 
 		 672 aa  97.4  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.11 
 
 		 743 aa  97.1  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  24.48 
 
 		 611 aa  95.9  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.56 
 
 		 681 aa  95.1  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.23 
 
 		 702 aa  93.6  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  23.53 
 
 		 667 aa  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.66 
 
 		 776 aa  87.8  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  22.76 
 
 		 798 aa  85.5  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  23.23 
 
 		 562 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.81 
 
 		 675 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  29.77 
 
 		 638 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  29.77 
 
 		 638 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  20.51 
 
 		 602 aa  59.3  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  29.29 
 
 		 569 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  29.29 
 
 		 569 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  24.56 
 
 		 588 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  23.15 
 
 		 661 aa  57.8  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  23.97 
 
 		 628 aa  56.6  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  23.53 
 
 		 625 aa  55.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  21.77 
 
 		 648 aa  55.5  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.93 
 
 		 648 aa  54.7  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  26.79 
 
 		 608 aa  54.3  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  25.17 
 
 		 651 aa  53.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  27.46 
 
 		 655 aa  53.5  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.73 
 
 		 633 aa  53.5  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  28.1 
 
 		 639 aa  52.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  26.17 
 
 		 656 aa  52.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  27.1 
 
 		 575 aa  52  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 637 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  20.9 
 
 		 678 aa  51.6  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  23.31 
 
 		 634 aa  51.6  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 637 aa  51.6  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  27.68 
 
 		 648 aa  51.2  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  27.05 
 
 		 610 aa  51.2  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  31.51 
 
 		 639 aa  50.8  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  28.8 
 
 		 641 aa  50.8  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  28.86 
 
 		 665 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  31.03 
 
 		 723 aa  50.1  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0837  DNA transfer in the process of conjugation and F pilus assembly protein  22.13 
 
 		 455 aa  50.1  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00362529  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3564  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.03 
 
 		 662 aa  50.1  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  28.91 
 
 		 654 aa  50.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  27.06 
 
 		 674 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  34.85 
 
 		 502 aa  49.3  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  25.17 
 
 		 637 aa  49.3  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 682 aa  48.9  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  29.89 
 
 		 641 aa  49.3  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  31.03 
 
 		 714 aa  49.7  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  26.28 
 
 		 635 aa  49.7  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  25.5 
 
 		 629 aa  48.5  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.82 
 
 		 636 aa  48.1  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  21.67 
 
 		 713 aa  47.8  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  24.81 
 
 		 562 aa  47.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  22.37 
 
 		 606 aa  47.8  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  28.36 
 
 		 823 aa  47.4  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4381  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.31 
 
 		 662 aa  47.4  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0399338  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  20.6 
 
 		 699 aa  47  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3760  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.45 
 
 		 658 aa  47  0.0009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195316  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  30.34 
 
 		 453 aa  47  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  25.88 
 
 		 828 aa  46.6  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6850  type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  38.76 
 
 		 833 aa  47  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0108098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  27.71 
 
 		 682 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  25.75 
 
 		 809 aa  45.8  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3629  hypothetical protein  28.08 
 
 		 1276 aa  46.2  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  25.75 
 
 		 834 aa  46.2  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  26.06 
 
 		 554 aa  45.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  27.47 
 
 		 695 aa  45.8  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  25.83 
 
 		 561 aa  44.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  27.27 
 
 		 762 aa  43.9  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>