135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_4242 on replicon NC_008242
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 682 aa  1382    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  47.46 
 
 		 606 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  39.3 
 
 		 656 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  39.75 
 
 		 655 aa  402  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  44.01 
 
 		 665 aa  395  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  36.65 
 
 		 629 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  38.15 
 
 		 639 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  43.68 
 
 		 654 aa  392  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  43.48 
 
 		 639 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  43.2 
 
 		 641 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  38.28 
 
 		 637 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  39.68 
 
 		 635 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  38.97 
 
 		 663 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  38.81 
 
 		 674 aa  349  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3603  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  50.85 
 
 		 129 aa  118  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.720206  normal  0.831231 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  27.68 
 
 		 560 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  26.15 
 
 		 561 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  25.28 
 
 		 580 aa  106  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  26.41 
 
 		 575 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25.11 
 
 		 554 aa  102  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  25.43 
 
 		 588 aa  99.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  22.47 
 
 		 723 aa  92.8  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  22.25 
 
 		 714 aa  91.3  5e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.31 
 
 		 665 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.86 
 
 		 666 aa  83.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  22.25 
 
 		 648 aa  82.4  0.00000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.07 
 
 		 641 aa  82.4  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  23.75 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  22.92 
 
 		 713 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24.31 
 
 		 660 aa  81.6  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.18 
 
 		 661 aa  81.6  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.38 
 
 		 660 aa  79.7  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  21.69 
 
 		 661 aa  79  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.95 
 
 		 669 aa  78.6  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 674 aa  77.8  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  21.6 
 
 		 611 aa  77.4  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 664 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.04 
 
 		 676 aa  77.4  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.14 
 
 		 687 aa  76.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.49 
 
 		 548 aa  76.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 663 aa  75.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 663 aa  75.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.13 
 
 		 663 aa  74.7  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 661 aa  74.7  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.36 
 
 		 660 aa  73.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.68 
 
 		 648 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  23.85 
 
 		 664 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  22.33 
 
 		 663 aa  72  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.45 
 
 		 700 aa  71.6  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.12 
 
 		 662 aa  71.2  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.51 
 
 		 662 aa  70.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  24.42 
 
 		 670 aa  70.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  25.36 
 
 		 579 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.83 
 
 		 661 aa  70.5  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.3 
 
 		 687 aa  70.5  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  25.05 
 
 		 509 aa  70.5  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.65 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.81 
 
 		 666 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  22.25 
 
 		 723 aa  69.3  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  22.75 
 
 		 661 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  23.33 
 
 		 583 aa  67.8  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  28.29 
 
 		 620 aa  67.4  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  21.84 
 
 		 651 aa  67  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.47 
 
 		 659 aa  67  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  21.9 
 
 		 823 aa  67  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.92 
 
 		 573 aa  66.6  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  22.1 
 
 		 714 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.42 
 
 		 662 aa  66.6  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  22.27 
 
 		 661 aa  64.7  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  22.81 
 
 		 660 aa  64.3  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  21.36 
 
 		 668 aa  64.3  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.47 
 
 		 659 aa  63.9  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 665 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  21.19 
 
 		 658 aa  63.5  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 663 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  21.11 
 
 		 559 aa  63.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  23.83 
 
 		 663 aa  62.8  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  22.25 
 
 		 626 aa  62.4  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  20.73 
 
 		 809 aa  62  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  20.3 
 
 		 630 aa  61.6  0.00000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 669 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  20.75 
 
 		 828 aa  60.8  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  21.02 
 
 		 834 aa  60.8  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 672 aa  60.5  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 675 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  21.15 
 
 		 666 aa  60.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.95 
 
 		 575 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  21.65 
 
 		 576 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  20.79 
 
 		 664 aa  59.7  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  20.82 
 
 		 628 aa  59.3  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  21.41 
 
 		 670 aa  59.3  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  21.41 
 
 		 673 aa  59.3  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  21.27 
 
 		 678 aa  59.7  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  22.83 
 
 		 590 aa  60.1  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  25 
 
 		 668 aa  58.9  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  20.89 
 
 		 665 aa  59.3  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  20.89 
 
 		 669 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>