162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5396 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  79.12 
 
 		 665 aa  1057    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  69.76 
 
 		 641 aa  853    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  71.34 
 
 		 654 aa  918    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  54.81 
 
 		 629 aa  707    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 639 aa  1305    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  69.54 
 
 		 655 aa  920    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  69.76 
 
 		 656 aa  925    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  46.14 
 
 		 663 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  46.85 
 
 		 639 aa  468  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  45.11 
 
 		 637 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  46.75 
 
 		 635 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  47 
 
 		 674 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  44.38 
 
 		 606 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  43.48 
 
 		 682 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8047  Ti-type conjugative transfer system protein TraG  50.36 
 
 		 182 aa  127  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359482  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  26.87 
 
 		 561 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25.45 
 
 		 554 aa  120  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.36 
 
 		 560 aa  117  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  24.42 
 
 		 661 aa  110  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  24.77 
 
 		 580 aa  109  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  24.65 
 
 		 575 aa  102  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  23.94 
 
 		 902 aa  97.4  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.54 
 
 		 723 aa  96.3  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  26.01 
 
 		 666 aa  95.5  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  23.3 
 
 		 714 aa  94.4  7e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  26.74 
 
 		 638 aa  92.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 666 aa  90.1  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  22.49 
 
 		 648 aa  89.4  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  24.82 
 
 		 723 aa  89  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.82 
 
 		 641 aa  88.2  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  22.25 
 
 		 620 aa  88.2  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  25.12 
 
 		 674 aa  87.8  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  22.41 
 
 		 699 aa  87.4  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 660 aa  87.4  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  24.59 
 
 		 660 aa  85.1  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  24.24 
 
 		 672 aa  85.1  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  25.62 
 
 		 509 aa  85.5  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.47 
 
 		 660 aa  85.5  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.43 
 
 		 633 aa  84.7  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 669 aa  84.7  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 660 aa  85.1  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 665 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  25.35 
 
 		 809 aa  84.7  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.3 
 
 		 663 aa  84  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  22.84 
 
 		 626 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  25.49 
 
 		 823 aa  84  0.000000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  23.25 
 
 		 633 aa  83.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.86 
 
 		 659 aa  83.2  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 663 aa  83.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.45 
 
 		 630 aa  83.2  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  25.39 
 
 		 828 aa  82.4  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 661 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  24.82 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  25.65 
 
 		 687 aa  83.2  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  23.5 
 
 		 588 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  26.3 
 
 		 834 aa  82  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.24 
 
 		 667 aa  82.4  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 664 aa  81.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.82 
 
 		 687 aa  82  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.04 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.62 
 
 		 665 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  24.34 
 
 		 658 aa  82.4  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.6 
 
 		 668 aa  80.9  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  24.58 
 
 		 676 aa  80.5  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 663 aa  80.9  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 663 aa  80.9  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.76 
 
 		 665 aa  80.5  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  22.39 
 
 		 627 aa  80.5  0.00000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.17 
 
 		 678 aa  79.7  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 661 aa  80.1  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23.83 
 
 		 669 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 669 aa  80.1  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.85 
 
 		 669 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.47 
 
 		 666 aa  80.1  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  23.46 
 
 		 637 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.24 
 
 		 664 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 662 aa  79  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  23.65 
 
 		 637 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  22.72 
 
 		 756 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3603  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  39.32 
 
 		 129 aa  79.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.720206  normal  0.831231 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.84 
 
 		 695 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 661 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.62 
 
 		 714 aa  79  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 661 aa  78.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  23.4 
 
 		 663 aa  78.6  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.4 
 
 		 664 aa  78.2  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 666 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 634 aa  78.2  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  22.9 
 
 		 675 aa  77.8  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  23.29 
 
 		 665 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.29 
 
 		 670 aa  77.4  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  20.81 
 
 		 699 aa  77.4  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.79 
 
 		 573 aa  77.4  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.9 
 
 		 666 aa  77  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  23.31 
 
 		 670 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  23.38 
 
 		 673 aa  75.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 664 aa  74.7  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.23 
 
 		 678 aa  73.9  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>