169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9186 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  82.81 
 
 		 654 aa  1066    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 656 aa  1342    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  71.34 
 
 		 665 aa  942    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  72.53 
 
 		 641 aa  890    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  58.04 
 
 		 629 aa  743    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  69.76 
 
 		 639 aa  924    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  87.21 
 
 		 655 aa  1133    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  43.68 
 
 		 639 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  44.84 
 
 		 663 aa  485  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  46.85 
 
 		 635 aa  480  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  44.91 
 
 		 637 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  42.12 
 
 		 674 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  45.01 
 
 		 606 aa  410  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  43.97 
 
 		 682 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8047  Ti-type conjugative transfer system protein TraG  53.96 
 
 		 182 aa  136  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25.97 
 
 		 554 aa  116  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.27 
 
 		 560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.84 
 
 		 561 aa  114  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  29.09 
 
 		 687 aa  110  6e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  25.53 
 
 		 661 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  27.38 
 
 		 665 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  28.78 
 
 		 723 aa  106  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.57 
 
 		 674 aa  107  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  26.33 
 
 		 669 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  27.49 
 
 		 660 aa  106  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  25.34 
 
 		 902 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  27.32 
 
 		 662 aa  105  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  26.57 
 
 		 663 aa  105  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  28.19 
 
 		 666 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  27.12 
 
 		 660 aa  103  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  28.06 
 
 		 666 aa  103  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  28.54 
 
 		 676 aa  101  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  26.64 
 
 		 662 aa  99.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  25.46 
 
 		 662 aa  99.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  28.67 
 
 		 664 aa  99.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  23.41 
 
 		 634 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  26.12 
 
 		 661 aa  99.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  24.93 
 
 		 588 aa  98.6  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  25.28 
 
 		 580 aa  99  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  26.7 
 
 		 661 aa  98.6  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  26.13 
 
 		 660 aa  97.8  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.01 
 
 		 723 aa  97.4  7e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 666 aa  97.4  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  22.15 
 
 		 714 aa  95.9  2e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  26.75 
 
 		 664 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  26 
 
 		 661 aa  96.3  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  28.67 
 
 		 700 aa  96.3  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.7 
 
 		 661 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  26.76 
 
 		 661 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  25.9 
 
 		 509 aa  94.7  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  25.65 
 
 		 659 aa  94.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  24.67 
 
 		 670 aa  94  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  22.73 
 
 		 637 aa  92.8  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 661 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  22.39 
 
 		 637 aa  92.4  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 668 aa  92  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.43 
 
 		 663 aa  92.4  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.43 
 
 		 663 aa  92.4  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  25.94 
 
 		 687 aa  91.7  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.09 
 
 		 641 aa  91.3  5e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25.53 
 
 		 661 aa  90.5  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  23.36 
 
 		 648 aa  90.1  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  23.55 
 
 		 756 aa  90.1  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  24.17 
 
 		 630 aa  90.1  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  25.05 
 
 		 666 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  24.55 
 
 		 627 aa  89.4  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  26.37 
 
 		 660 aa  89.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.01 
 
 		 699 aa  89  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  22.1 
 
 		 626 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.58 
 
 		 663 aa  89  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  26.5 
 
 		 669 aa  89  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 678 aa  88.6  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.48 
 
 		 664 aa  88.2  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  24.09 
 
 		 670 aa  88.6  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  26.99 
 
 		 573 aa  88.6  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  25.23 
 
 		 665 aa  87.8  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  24.67 
 
 		 665 aa  87.8  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  26.32 
 
 		 666 aa  87.4  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  25.23 
 
 		 575 aa  87  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  26.71 
 
 		 672 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  25.33 
 
 		 669 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  23.93 
 
 		 673 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 675 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  26.48 
 
 		 667 aa  85.9  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  24.56 
 
 		 638 aa  85.9  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  26.24 
 
 		 665 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 659 aa  85.1  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  25.34 
 
 		 823 aa  84.7  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  20.92 
 
 		 678 aa  84.3  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.92 
 
 		 633 aa  83.2  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.5 
 
 		 714 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  24.67 
 
 		 664 aa  82  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  22.32 
 
 		 620 aa  82  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.47 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  22.96 
 
 		 834 aa  81.3  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  23.14 
 
 		 809 aa  80.9  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  22.96 
 
 		 828 aa  80.9  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.4 
 
 		 648 aa  80.9  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  24.62 
 
 		 658 aa  80.5  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  28.71 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>