161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0593 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  100 
 
 		 575 aa  1181    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  70.04 
 
 		 580 aa  809    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  32.74 
 
 		 560 aa  203  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  29.96 
 
 		 561 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  31.06 
 
 		 554 aa  194  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  30.47 
 
 		 588 aa  188  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  28.96 
 
 		 509 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  31.25 
 
 		 585 aa  137  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  25.99 
 
 		 661 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  25.67 
 
 		 723 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  26.76 
 
 		 641 aa  129  2.0000000000000002e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  25.47 
 
 		 714 aa  128  3e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  25.73 
 
 		 648 aa  126  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.33 
 
 		 674 aa  126  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  27.54 
 
 		 666 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 		 660 aa  124  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  26.79 
 
 		 660 aa  123  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  25.55 
 
 		 659 aa  123  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  25.51 
 
 		 700 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  26.33 
 
 		 669 aa  121  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 660 aa  120  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.37 
 
 		 661 aa  120  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  26.08 
 
 		 573 aa  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  25 
 
 		 625 aa  118  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  25.76 
 
 		 659 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 661 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  25.42 
 
 		 661 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.69 
 
 		 663 aa  117  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.69 
 
 		 663 aa  117  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  26.15 
 
 		 675 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  26.76 
 
 		 661 aa  117  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  26.02 
 
 		 666 aa  116  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  26.46 
 
 		 665 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  26 
 
 		 660 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 661 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.7 
 
 		 663 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  25.51 
 
 		 662 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  27.51 
 
 		 663 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  26.03 
 
 		 668 aa  114  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  26.48 
 
 		 666 aa  114  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 664 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  25.87 
 
 		 672 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  26.03 
 
 		 666 aa  113  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  25.87 
 
 		 669 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  26.72 
 
 		 687 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  26.04 
 
 		 665 aa  111  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  25.87 
 
 		 673 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  26.1 
 
 		 667 aa  110  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.67 
 
 		 664 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.82 
 
 		 670 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 661 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  26.88 
 
 		 548 aa  110  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  26.6 
 
 		 687 aa  110  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 665 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 		 664 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  25.78 
 
 		 676 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  24.74 
 
 		 661 aa  108  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.89 
 
 		 669 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 666 aa  108  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  25.79 
 
 		 669 aa  107  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.97 
 
 		 663 aa  106  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.99 
 
 		 678 aa  106  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.4 
 
 		 593 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  26.41 
 
 		 682 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.84 
 
 		 662 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.98 
 
 		 662 aa  105  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  25.26 
 
 		 665 aa  105  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  24.95 
 
 		 594 aa  104  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  24.9 
 
 		 661 aa  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  23.31 
 
 		 823 aa  100  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  25.87 
 
 		 664 aa  100  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.26 
 
 		 576 aa  100  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.51 
 
 		 723 aa  99.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  24.42 
 
 		 639 aa  99.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.11 
 
 		 575 aa  98.6  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  24.51 
 
 		 583 aa  98.6  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  26.65 
 
 		 670 aa  97.4  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  24.27 
 
 		 630 aa  96.7  1e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  23.92 
 
 		 627 aa  95.9  2e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  24.64 
 
 		 699 aa  96.3  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  24.1 
 
 		 665 aa  94.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  26.49 
 
 		 663 aa  94.4  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  25.57 
 
 		 644 aa  93.2  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  23.6 
 
 		 570 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  23.6 
 
 		 570 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.2 
 
 		 629 aa  93.2  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  23.73 
 
 		 639 aa  90.9  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  24.41 
 
 		 699 aa  90.5  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  23.51 
 
 		 809 aa  90.5  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  23.51 
 
 		 834 aa  90.5  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  24.85 
 
 		 661 aa  90.5  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 		 654 aa  90.1  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  23.2 
 
 		 557 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  23.51 
 
 		 828 aa  90.1  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  21.78 
 
 		 648 aa  90.1  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 		 645 aa  88.2  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  22.49 
 
 		 559 aa  88.6  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  23.39 
 
 		 635 aa  88.2  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  23.86 
 
 		 695 aa  87.8  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  20.76 
 
 		 598 aa  87.8  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>