163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4672 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 641 aa  1305    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  70.55 
 
 		 655 aa  925    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  57.72 
 
 		 629 aa  753    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  69.76 
 
 		 639 aa  913    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  71.61 
 
 		 665 aa  949    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  72.14 
 
 		 654 aa  922    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  73.74 
 
 		 656 aa  954    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  46.08 
 
 		 663 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  41.62 
 
 		 639 aa  467  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  44.38 
 
 		 637 aa  465  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  44.36 
 
 		 635 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  42.36 
 
 		 674 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  43.98 
 
 		 606 aa  398  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  40.55 
 
 		 682 aa  389  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  24.76 
 
 		 554 aa  114  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.36 
 
 		 560 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.06 
 
 		 561 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.02 
 
 		 723 aa  108  2e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8047  Ti-type conjugative transfer system protein TraG  48.2 
 
 		 182 aa  108  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359482  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  21.88 
 
 		 714 aa  106  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  24.26 
 
 		 648 aa  102  2e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  23.89 
 
 		 661 aa  100  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.35 
 
 		 641 aa  100  8e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  25.49 
 
 		 714 aa  97.8  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  23.56 
 
 		 902 aa  94  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  24.31 
 
 		 580 aa  94  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  23.39 
 
 		 620 aa  93.2  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.05 
 
 		 699 aa  93.2  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.38 
 
 		 678 aa  92  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.03 
 
 		 670 aa  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  25.11 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.49 
 
 		 713 aa  89.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  22.43 
 
 		 626 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  23.62 
 
 		 634 aa  89  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  26.35 
 
 		 666 aa  88.6  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.11 
 
 		 648 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.29 
 
 		 663 aa  88.6  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  24.46 
 
 		 723 aa  88.6  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.68 
 
 		 575 aa  87.8  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  23.96 
 
 		 575 aa  87.8  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.21 
 
 		 633 aa  86.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  23.21 
 
 		 633 aa  86.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.71 
 
 		 593 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.44 
 
 		 630 aa  86.3  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 669 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  24.83 
 
 		 658 aa  85.5  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.29 
 
 		 576 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  23.76 
 
 		 583 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 687 aa  84.7  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  25.35 
 
 		 674 aa  84.7  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 665 aa  84  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  20.83 
 
 		 695 aa  84  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.44 
 
 		 651 aa  83.2  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 		 666 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  25.83 
 
 		 676 aa  83.2  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  27.47 
 
 		 592 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 660 aa  82.4  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  22.33 
 
 		 699 aa  82.4  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  22.71 
 
 		 637 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.08 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  22.71 
 
 		 637 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.53 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.68 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  23.17 
 
 		 588 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  22.54 
 
 		 627 aa  81.6  0.00000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  22.56 
 
 		 594 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  25.87 
 
 		 664 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  24.4 
 
 		 638 aa  81.6  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 700 aa  81.3  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 662 aa  80.9  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  22.49 
 
 		 756 aa  80.5  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 663 aa  80.1  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.35 
 
 		 687 aa  80.1  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 663 aa  80.1  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.06 
 
 		 663 aa  80.5  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 663 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  22.8 
 
 		 827 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.14 
 
 		 660 aa  78.6  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  24.42 
 
 		 661 aa  78.2  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  20.93 
 
 		 559 aa  78.6  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  22.88 
 
 		 660 aa  78.2  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  23.81 
 
 		 661 aa  77.8  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.23 
 
 		 661 aa  78.2  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.69 
 
 		 666 aa  78.2  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  23.48 
 
 		 661 aa  77.4  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.36 
 
 		 659 aa  76.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.73 
 
 		 668 aa  75.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  24.31 
 
 		 661 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  24.37 
 
 		 834 aa  75.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.74 
 
 		 664 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.43 
 
 		 662 aa  75.5  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  24.37 
 
 		 809 aa  75.5  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  24.37 
 
 		 828 aa  75.5  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.61 
 
 		 661 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.97 
 
 		 548 aa  74.7  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  23.36 
 
 		 666 aa  74.3  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.04 
 
 		 665 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.28 
 
 		 669 aa  73.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.22 
 
 		 678 aa  73.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 660 aa  72.4  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>