38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4938 on replicon NC_013442
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 669 aa  1358    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  30.51 
 
 		 589 aa  247  4e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  30.18 
 
 		 589 aa  243  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  31.7 
 
 		 583 aa  229  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  31.69 
 
 		 591 aa  228  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  29.94 
 
 		 590 aa  224  6e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  28.52 
 
 		 602 aa  195  2e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  32.78 
 
 		 604 aa  190  8e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  33.33 
 
 		 598 aa  162  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.86 
 
 		 587 aa  81.6  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.45 
 
 		 592 aa  77  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.45 
 
 		 592 aa  76.3  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  27.14 
 
 		 634 aa  76.3  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  27.92 
 
 		 613 aa  74.7  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.31 
 
 		 621 aa  74.7  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  24.09 
 
 		 606 aa  73.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  22.99 
 
 		 506 aa  71.2  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.93 
 
 		 562 aa  68.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.12 
 
 		 611 aa  67.4  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.28 
 
 		 490 aa  67  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  24.84 
 
 		 594 aa  64.3  0.000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  21.3 
 
 		 606 aa  61.6  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  25.38 
 
 		 673 aa  60.8  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  30.67 
 
 		 590 aa  58.5  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  26.11 
 
 		 627 aa  57  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  34.06 
 
 		 594 aa  56.6  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.63 
 
 		 636 aa  56.6  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  28.57 
 
 		 677 aa  54.7  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.57 
 
 		 453 aa  54.7  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.31 
 
 		 656 aa  53.9  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  21.67 
 
 		 663 aa  53.5  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  26.21 
 
 		 610 aa  51.2  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  22.03 
 
 		 608 aa  49.3  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  26.72 
 
 		 509 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  22.46 
 
 		 625 aa  46.2  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  25.81 
 
 		 661 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  23.04 
 
 		 682 aa  44.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0559  TraG/TraD family membrane protein  23.49 
 
 		 666 aa  43.9  0.01  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>