132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1576 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 453 aa  920    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  70.32 
 
 		 636 aa  587  1e-166  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  65.71 
 
 		 506 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  63.94 
 
 		 490 aa  580  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  33.71 
 
 		 587 aa  181  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  27.64 
 
 		 634 aa  174  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.23 
 
 		 592 aa  173  5e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.23 
 
 		 592 aa  173  5e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  31.52 
 
 		 594 aa  149  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.54 
 
 		 621 aa  144  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  26.94 
 
 		 613 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  31.21 
 
 		 594 aa  129  8.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  28.11 
 
 		 591 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.34 
 
 		 611 aa  117  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  28 
 
 		 589 aa  109  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  27.71 
 
 		 590 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  27.61 
 
 		 589 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  24.88 
 
 		 583 aa  90.5  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  25.56 
 
 		 602 aa  85.9  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  27.53 
 
 		 598 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  24.15 
 
 		 604 aa  72.4  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.18 
 
 		 656 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 638 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 638 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.15 
 
 		 562 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.44 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 662 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.17 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  25.67 
 
 		 554 aa  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 		 660 aa  63.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  32.76 
 
 		 760 aa  63.5  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  32.26 
 
 		 509 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  25 
 
 		 399 aa  62  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.19 
 
 		 662 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.93 
 
 		 666 aa  59.7  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 660 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  22.09 
 
 		 661 aa  58.9  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.46 
 
 		 678 aa  58.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  23.81 
 
 		 608 aa  57.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.33 
 
 		 840 aa  57.4  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 660 aa  57  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.59 
 
 		 661 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.19 
 
 		 669 aa  56.2  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  25.6 
 
 		 665 aa  55.8  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  24.3 
 
 		 661 aa  56.6  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  23.52 
 
 		 678 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 708 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.57 
 
 		 675 aa  55.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.73 
 
 		 593 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 708 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.03 
 
 		 659 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 708 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 708 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 708 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.4 
 
 		 707 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.52 
 
 		 687 aa  55.1  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.4 
 
 		 687 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.94 
 
 		 673 aa  55.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 669 aa  54.3  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  22.53 
 
 		 633 aa  53.9  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 723 aa  54.3  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.53 
 
 		 661 aa  53.9  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.82 
 
 		 659 aa  53.9  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  22.49 
 
 		 670 aa  53.9  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 668 aa  53.5  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.82 
 
 		 700 aa  53.5  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.21 
 
 		 666 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 661 aa  52.8  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.92 
 
 		 666 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.17 
 
 		 665 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.58 
 
 		 648 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.4 
 
 		 664 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.99 
 
 		 664 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  22.86 
 
 		 665 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  19.86 
 
 		 699 aa  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  23.9 
 
 		 663 aa  52.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  23.9 
 
 		 663 aa  52.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.17 
 
 		 669 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 672 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  19.49 
 
 		 699 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  25.93 
 
 		 633 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  21.23 
 
 		 576 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 661 aa  51.6  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 663 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.35 
 
 		 663 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.46 
 
 		 575 aa  51.2  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  22.71 
 
 		 674 aa  51.2  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 634 aa  50.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.17 
 
 		 667 aa  50.4  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 666 aa  50.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  23.97 
 
 		 756 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  21.08 
 
 		 666 aa  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  20.57 
 
 		 912 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.04 
 
 		 676 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  22.93 
 
 		 669 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.39 
 
 		 573 aa  49.3  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  23.06 
 
 		 594 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  24.56 
 
 		 637 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  24.56 
 
 		 637 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  26.7 
 
 		 561 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>