158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_3620 on replicon NC_014214
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  100 
 
 		 896 aa  1796    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  28.33 
 
 		 548 aa  119  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  26.17 
 
 		 663 aa  117  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  24.75 
 
 		 648 aa  102  2e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  25.76 
 
 		 670 aa  103  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  23.82 
 
 		 699 aa  103  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  25.22 
 
 		 699 aa  102  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  25.39 
 
 		 678 aa  101  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  23.97 
 
 		 641 aa  101  6e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23 
 
 		 723 aa  100  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  23 
 
 		 669 aa  98.6  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  24.94 
 
 		 630 aa  98.2  6e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  22.48 
 
 		 714 aa  97.8  8e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.5 
 
 		 675 aa  94.4  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.36 
 
 		 664 aa  94.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 668 aa  93.2  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  22.98 
 
 		 665 aa  93.2  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  23.73 
 
 		 695 aa  93.2  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  23.52 
 
 		 666 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  24.02 
 
 		 665 aa  92  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  26.77 
 
 		 593 aa  91.3  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.94 
 
 		 666 aa  91.3  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  26.36 
 
 		 594 aa  91.3  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.35 
 
 		 667 aa  90.5  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.1 
 
 		 661 aa  90.5  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 669 aa  90.9  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  25 
 
 		 713 aa  89.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  23.11 
 
 		 672 aa  90.1  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  24.72 
 
 		 633 aa  89.4  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  24.87 
 
 		 627 aa  89.4  3e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.86 
 
 		 665 aa  89  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  23.29 
 
 		 670 aa  88.6  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 660 aa  88.2  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.78 
 
 		 669 aa  87.8  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  25.12 
 
 		 660 aa  87.8  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  24.75 
 
 		 633 aa  87.4  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  26.83 
 
 		 575 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  23.26 
 
 		 670 aa  87  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 664 aa  86.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.29 
 
 		 664 aa  86.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 673 aa  87  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  25.17 
 
 		 662 aa  85.9  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 663 aa  85.9  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.18 
 
 		 648 aa  85.9  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.15 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  26.92 
 
 		 583 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  25.91 
 
 		 576 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.84 
 
 		 666 aa  85.1  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.03 
 
 		 669 aa  84.7  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.15 
 
 		 660 aa  84.3  0.000000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  26.19 
 
 		 603 aa  84  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  26.42 
 
 		 598 aa  84  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  23.74 
 
 		 714 aa  82.4  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 663 aa  82.8  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 663 aa  82.8  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  25.86 
 
 		 673 aa  82.8  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  24.74 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  23.32 
 
 		 660 aa  81.3  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.53 
 
 		 651 aa  81.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  26.15 
 
 		 570 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 		 661 aa  80.5  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  26.15 
 
 		 570 aa  80.9  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  26.15 
 
 		 557 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  25.17 
 
 		 585 aa  79.7  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 674 aa  80.1  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.41 
 
 		 700 aa  80.1  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  21.96 
 
 		 676 aa  80.1  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.54 
 
 		 661 aa  79.3  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  25.68 
 
 		 823 aa  79.3  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.13 
 
 		 663 aa  79  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.39 
 
 		 678 aa  78.6  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  23.3 
 
 		 665 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.86 
 
 		 659 aa  78.2  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.8 
 
 		 661 aa  77.8  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  22.15 
 
 		 659 aa  78.2  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  24.59 
 
 		 559 aa  77.8  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  24.13 
 
 		 834 aa  77.4  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  21.87 
 
 		 661 aa  77.4  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  24.13 
 
 		 809 aa  77.4  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28380  type IV secretory pathway, VirD4 component  25.46 
 
 		 445 aa  77.4  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  24.13 
 
 		 828 aa  76.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 661 aa  76.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.16 
 
 		 662 aa  76.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.08 
 
 		 662 aa  75.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  23.4 
 
 		 668 aa  75.1  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  25.94 
 
 		 661 aa  73.9  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.77 
 
 		 664 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.34 
 
 		 687 aa  73.9  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  24.22 
 
 		 762 aa  73.6  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  25.23 
 
 		 590 aa  72  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  22.72 
 
 		 670 aa  71.6  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  24.95 
 
 		 758 aa  71.2  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  20.95 
 
 		 687 aa  70.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  27.01 
 
 		 531 aa  70.5  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  28.16 
 
 		 610 aa  69.7  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  24.89 
 
 		 658 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  22.96 
 
 		 667 aa  70.1  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 626 aa  68.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>