246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1642 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 243 aa  477  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  100 
 
 		 243 aa  477  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  95.06 
 
 		 243 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  81.58 
 
 		 191 aa  297  9e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  74.88 
 
 		 242 aa  258  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  73.44 
 
 		 242 aa  238  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  37.95 
 
 		 196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 195 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  99.8  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 		 200 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 195 aa  92.4  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 210 aa  92  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 196 aa  79.3  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  29.19 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  30.86 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  25.86 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  22.54 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  25.83 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 204 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  21.54 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  23.84 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  22.54 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  21.03 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  21.03 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 202 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  24.12 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 		 205 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 181 aa  57  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  20.51 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 		 189 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 236 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 213 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 224 aa  52.4  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 203 aa  52.4  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2200  putative regulatory protein TetR  27.5 
 
 		 196 aa  52  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.841471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 200 aa  51.2  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 233 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22250  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0446991  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 201 aa  49.7  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 235 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 219 aa  48.9  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1317  regulatory protein TetR  40.7 
 
 		 232 aa  48.9  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 213 aa  48.5  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  23.28 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 224 aa  47.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0144  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 227 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 199 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 201 aa  47.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>