More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3038 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 950 aa  1837    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  55.72 
 
 		 894 aa  749    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8709  ATPase-like protein  45.75 
 
 		 928 aa  571  1e-161  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1214  regulatory protein, LuxR  41.92 
 
 		 930 aa  526  1e-148  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.428987 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4923  LuxR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 937 aa  511  1e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5012  regulatory protein, LuxR  43.85 
 
 		 937 aa  511  1e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5449  regulatory protein, LuxR  43.61 
 
 		 929 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5305  regulatory protein, LuxR  43.53 
 
 		 937 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  43.11 
 
 		 903 aa  499  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5002  regulatory protein, LuxR  44.09 
 
 		 940 aa  501  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4236  transcriptional regulator, LuxR family  43 
 
 		 905 aa  480  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.427598  normal  0.524249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 936 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5144  transcriptional regulator, LuxR family  42.45 
 
 		 918 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4238  transcriptional regulator, LuxR family  41.16 
 
 		 919 aa  450  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  38.8 
 
 		 925 aa  439  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  40.02 
 
 		 923 aa  427  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0415  transcriptional regulator, LuxR family  37.4 
 
 		 911 aa  363  6e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  35.28 
 
 		 928 aa  346  1e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9261  ATPase-like protein  37.64 
 
 		 884 aa  344  5e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  34.82 
 
 		 927 aa  323  9.000000000000001e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 		 927 aa  315  2.9999999999999996e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 928 aa  311  4e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  35.74 
 
 		 920 aa  290  7e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  36.55 
 
 		 938 aa  265  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  33.37 
 
 		 940 aa  258  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  41.13 
 
 		 919 aa  251  6e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2291  regulatory protein LuxR  34.09 
 
 		 934 aa  239  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27950  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.37 
 
 		 923 aa  235  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81499  normal  0.031015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5515  response regulator receiver protein  32.81 
 
 		 879 aa  232  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0430285  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  42.28 
 
 		 904 aa  208  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6795  LuxR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 889 aa  204  5e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.26152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4229  transcriptional regulator, LuxR family  38.52 
 
 		 923 aa  201  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.099423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  37.62 
 
 		 953 aa  200  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2311  regulatory protein LuxR  38.13 
 
 		 922 aa  193  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  37.36 
 
 		 913 aa  192  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  31.05 
 
 		 995 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  41.13 
 
 		 913 aa  177  7e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0388  transcriptional regulator, LuxR family  34.84 
 
 		 916 aa  176  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0286476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5141  Sigma 54 interacting domain protein  42.79 
 
 		 240 aa  147  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3533  transcriptional regulator, LuxR family  38.68 
 
 		 1064 aa  143  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  36.61 
 
 		 961 aa  140  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2325  regulatory protein LuxR  34.32 
 
 		 923 aa  127  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2697  transcriptional regulator, LuxR family  45.5 
 
 		 910 aa  126  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.280211 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1970  transcriptional regulator, LuxR family  33.21 
 
 		 835 aa  124  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000157383  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5780  ATPase-like protein  34.37 
 
 		 884 aa  117  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.673084  normal  0.283038 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  40.5 
 
 		 955 aa  117  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2467  transcriptional regulator, LuxR family  36.57 
 
 		 915 aa  117  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000112421  hitchhiker  0.00668806 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 		 909 aa  116  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 		 910 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  40.89 
 
 		 913 aa  114  8.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  38.74 
 
 		 917 aa  106  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 881 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 881 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0072  LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 1000 aa  104  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.996458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  42.07 
 
 		 893 aa  99  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 876 aa  98.2  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 919 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  30.52 
 
 		 919 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  30.02 
 
 		 919 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  29.04 
 
 		 927 aa  97.4  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 		 900 aa  97.1  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  32.05 
 
 		 959 aa  94.7  7e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2729  regulatory protein LuxR  40 
 
 		 892 aa  94.7  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.805372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3610  transcriptional regulator, LuxR family  47.66 
 
 		 953 aa  90.1  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  29.11 
 
 		 998 aa  89.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  34.59 
 
 		 921 aa  89  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  32.06 
 
 		 916 aa  88.6  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1892  transcriptional regulator, LuxR family  33.14 
 
 		 997 aa  88.6  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  32.6 
 
 		 919 aa  88.2  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  34.33 
 
 		 921 aa  87.8  8e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 894 aa  87.4  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 921 aa  87.8  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  33.96 
 
 		 921 aa  87.8  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  36.42 
 
 		 189 aa  87.4  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  30.14 
 
 		 977 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  34.31 
 
 		 929 aa  86.3  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  41.77 
 
 		 929 aa  84.7  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  35.36 
 
 		 998 aa  83.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0761  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 881 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 947 aa  79  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 877 aa  77.4  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 		 897 aa  77  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  39.85 
 
 		 946 aa  77  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1458  adenylate/guanylate cyclase  23.44 
 
 		 1271 aa  75.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0265  transcriptional regulator, LuxR family  47.01 
 
 		 946 aa  75.5  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  42.24 
 
 		 981 aa  75.5  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  31.85 
 
 		 992 aa  73.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  36.48 
 
 		 932 aa  72.4  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 1015 aa  71.6  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 		 960 aa  71.6  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4020  LuxR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 974 aa  71.2  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 951 aa  69.7  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2194  transcriptional regulator, LuxR family  43.93 
 
 		 937 aa  70.5  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 775 aa  68.9  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 541 aa  67.4  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3437  regulatory protein LuxR  33.17 
 
 		 955 aa  65.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.756741  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  40.5 
 
 		 947 aa  66.2  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  52.46 
 
 		 887 aa  65.5  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.91 
 
 		 1429 aa  65.1  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>