More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0072 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0072  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
1000 aa  1922    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.996458  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  38.05 
 
 
959 aa  427  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 
927 aa  389  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 
910 aa  299  2e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3610  transcriptional regulator, LuxR family  33.3 
 
 
953 aa  266  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4020  LuxR family transcriptional regulator  83.24 
 
 
236 aa  261  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
881 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
881 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
876 aa  257  9e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  31.73 
 
 
893 aa  252  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  32.69 
 
 
894 aa  245  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1352  tetratricopeptide TPR_4  32.06 
 
 
683 aa  184  6e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  33.26 
 
 
909 aa  117  7.999999999999999e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  32.98 
 
 
919 aa  117  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5002  regulatory protein, LuxR  34.64 
 
 
940 aa  117  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 
928 aa  114  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1851  transcriptional regulator, LuxR family  28.29 
 
 
907 aa  114  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.640088  normal  0.606173 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  32.97 
 
 
913 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  28.48 
 
 
936 aa  107  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5449  regulatory protein, LuxR  32.02 
 
 
929 aa  105  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651418  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  34.17 
 
 
929 aa  103  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5144  transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 
918 aa  103  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156919  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8709  ATPase-like protein  31.45 
 
 
928 aa  102  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
950 aa  101  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0415  transcriptional regulator, LuxR family  34.64 
 
 
911 aa  99.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  37.77 
 
 
189 aa  99.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0388  transcriptional regulator, LuxR family  31.22 
 
 
916 aa  98.6  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0286476 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9261  ATPase-like protein  34.32 
 
 
884 aa  95.5  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5780  ATPase-like protein  37.61 
 
 
884 aa  93.2  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.673084  normal  0.283038 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 
928 aa  91.3  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2311  regulatory protein LuxR  30.29 
 
 
922 aa  89.4  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27950  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.75 
 
 
923 aa  89  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81499  normal  0.031015 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  29.61 
 
 
929 aa  89  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  33.9 
 
 
916 aa  89  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  42.14 
 
 
927 aa  88.2  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 
925 aa  87.4  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  29.85 
 
 
955 aa  86.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4923  LuxR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
937 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  33.2 
 
 
894 aa  85.5  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5012  regulatory protein, LuxR  31.83 
 
 
937 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2325  regulatory protein LuxR  28.09 
 
 
923 aa  85.5  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5515  response regulator receiver protein  36.6 
 
 
879 aa  84.7  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0430285  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  29.27 
 
 
953 aa  84.3  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5305  regulatory protein, LuxR  31.04 
 
 
937 aa  84.3  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  29.28 
 
 
913 aa  84.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0265  transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 
946 aa  83.2  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693441  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  31.97 
 
 
960 aa  82.4  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6795  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
889 aa  81.3  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.26152  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4229  transcriptional regulator, LuxR family  28.97 
 
 
923 aa  80.5  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.099423 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  41.15 
 
 
913 aa  81.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  28.78 
 
 
1123 aa  80.1  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
921 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  29.89 
 
 
921 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  29.89 
 
 
921 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
927 aa  79.7  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  26.32 
 
 
1141 aa  79  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  26.32 
 
 
1141 aa  79  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  26.32 
 
 
1141 aa  79  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5141  Sigma 54 interacting domain protein  34.33 
 
 
240 aa  78.6  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  29.18 
 
 
919 aa  78.2  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  30.4 
 
 
713 aa  77.8  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
938 aa  77.8  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 
903 aa  77.4  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
919 aa  77  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  27.63 
 
 
919 aa  77  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  27.63 
 
 
919 aa  77  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2729  regulatory protein LuxR  32.96 
 
 
892 aa  77.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.805372  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
940 aa  77  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  34.03 
 
 
917 aa  76.3  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  32.41 
 
 
940 aa  76.3  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  30.83 
 
 
900 aa  76.3  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  31.94 
 
 
921 aa  75.1  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.14 
 
 
947 aa  75.1  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4236  transcriptional regulator, LuxR family  35.18 
 
 
905 aa  75.1  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.427598  normal  0.524249 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  39.84 
 
 
995 aa  75.1  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  30.87 
 
 
974 aa  74.7  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  33.25 
 
 
956 aa  74.3  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5519  serine/threonine protein kinase  34.08 
 
 
1188 aa  74.3  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  30.63 
 
 
1013 aa  73.6  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  28.97 
 
 
998 aa  73.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3795  ATPase-like protein  29.36 
 
 
925 aa  72.8  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.978971  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1214  regulatory protein, LuxR  36.43 
 
 
930 aa  72.8  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.428987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 
923 aa  72.4  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0414  LuxR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
544 aa  71.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.865726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  30.24 
 
 
951 aa  72  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  36.18 
 
 
961 aa  72  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  28.53 
 
 
1029 aa  71.6  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 
993 aa  71.2  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3193  LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
895 aa  70.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0446  transcriptional regulator, LuxR family  31.48 
 
 
963 aa  70.5  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00639292 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  30.59 
 
 
992 aa  71.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  29.06 
 
 
1123 aa  70.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  31.05 
 
 
904 aa  70.1  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  26.94 
 
 
1015 aa  69.3  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0427  LuxR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
544 aa  69.7  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0437  LuxR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
544 aa  69.7  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.139362  normal  0.0303285 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  29.48 
 
 
900 aa  68.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2291  regulatory protein LuxR  28.15 
 
 
934 aa  68.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  29.92 
 
 
1121 aa  68.9  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  30.99 
 
 
947 aa  68.6  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>