More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3097 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4642  DNA ligase, NAD-dependent  46.96 
 
 		 814 aa  663    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5105  DNA ligase, NAD-dependent  47.67 
 
 		 814 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 792 aa  1595    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0011  DNA ligase, NAD-dependent  47.62 
 
 		 810 aa  672    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  49.75 
 
 		 795 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1689  DNA ligase, NAD-dependent  46.18 
 
 		 827 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.914748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0491  DNA ligase, NAD-dependent  48.33 
 
 		 829 aa  700    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5183  DNA ligase, NAD-dependent  47.2 
 
 		 814 aa  667    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1997  DNA ligase, NAD-dependent  58.66 
 
 		 703 aa  631  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6162  DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase (NAD+))  56.49 
 
 		 716 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825564 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2504  DNA ligase, NAD-dependent  48.75 
 
 		 752 aa  623  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.234774 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.65 
 
 		 717 aa  622  1e-176  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2432  DNA ligase, NAD-dependent  56.39 
 
 		 710 aa  609  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  52.43 
 
 		 700 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  56.79 
 
 		 720 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0706  DNA ligase, NAD-dependent  53.81 
 
 		 699 aa  596  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.948055  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1420  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.79 
 
 		 719 aa  586  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.801341  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.33 
 
 		 718 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1376  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.61 
 
 		 719 aa  585  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.01 
 
 		 718 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2066  DNA ligase, NAD-dependent  57.5 
 
 		 701 aa  585  1.0000000000000001e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  54.9 
 
 		 741 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1062  NAD-dependent DNA ligase  53.26 
 
 		 716 aa  579  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759691  normal  0.781607 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1754  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.56 
 
 		 721 aa  581  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1290  DNA ligase, NAD-dependent  52.69 
 
 		 714 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.67847  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  54.59 
 
 		 704 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0939  DNA ligase (NAD+)  54.19 
 
 		 698 aa  570  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2008  DNA ligase, NAD-dependent  55.09 
 
 		 714 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.843308 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2070  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.92 
 
 		 717 aa  568  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  54.29 
 
 		 715 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  54.48 
 
 		 704 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  52.59 
 
 		 714 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.64 
 
 		 719 aa  558  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.96 
 
 		 794 aa  555  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.65 
 
 		 794 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.7 
 
 		 786 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1159  DNA ligase, NAD-dependent  55.17 
 
 		 704 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.227634  normal  0.637978 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4083  DNA ligase, NAD-dependent  52.63 
 
 		 765 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.316882  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.02 
 
 		 784 aa  545  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.32 
 
 		 787 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.82 
 
 		 785 aa  542  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1738  DNA ligase, NAD-dependent  52.51 
 
 		 721 aa  545  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00107521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4727  DNA ligase, NAD-dependent  52.03 
 
 		 708 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  52.81 
 
 		 708 aa  539  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.75 
 
 		 776 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  43.07 
 
 		 787 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.05 
 
 		 776 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0549  DNA ligase, NAD-dependent  54.09 
 
 		 714 aa  527  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183807  normal  0.14967 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  43.73 
 
 		 813 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2583  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.78 
 
 		 821 aa  518  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2128  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.07 
 
 		 837 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.825717  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2047  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.09 
 
 		 831 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  42.35 
 
 		 711 aa  518  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  42.93 
 
 		 813 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  42.2 
 
 		 817 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  50.36 
 
 		 673 aa  502  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  46.99 
 
 		 672 aa  501  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  46.91 
 
 		 670 aa  493  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  47.41 
 
 		 685 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  47.23 
 
 		 685 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  51 
 
 		 683 aa  491  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  50.35 
 
 		 711 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  46.55 
 
 		 673 aa  489  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  47.41 
 
 		 685 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  49.38 
 
 		 675 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  49.38 
 
 		 691 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0757  DNA ligase, NAD-dependent  50.44 
 
 		 682 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320079  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.63 
 
 		 776 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.46 
 
 		 682 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  44.37 
 
 		 677 aa  483  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  45.69 
 
 		 672 aa  481  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.45 
 
 		 776 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  46.82 
 
 		 674 aa  480  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  47.97 
 
 		 673 aa  481  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  45.36 
 
 		 685 aa  482  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  46.22 
 
 		 691 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.68 
 
 		 681 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  47.14 
 
 		 678 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.2 
 
 		 669 aa  479  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  46.82 
 
 		 690 aa  478  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  45.68 
 
 		 690 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  45.68 
 
 		 690 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.2 
 
 		 697 aa  477  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.29 
 
 		 681 aa  475  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  48.82 
 
 		 691 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.25 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.74 
 
 		 670 aa  473  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.81 
 
 		 670 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  48.46 
 
 		 691 aa  474  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  47.69 
 
 		 683 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  48.46 
 
 		 746 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  48.46 
 
 		 691 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.81 
 
 		 670 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  48.46 
 
 		 691 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  46.07 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  44.31 
 
 		 689 aa  471  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.07 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.07 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.07 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.07 
 
 		 671 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>