215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2118 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 418 aa  838    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  48.92 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  39.71 
 
 		 418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  35.56 
 
 		 417 aa  253  5.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  34.52 
 
 		 437 aa  228  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  26.91 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 431 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 415 aa  97.1  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 415 aa  94  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.63 
 
 		 415 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  22.62 
 
 		 418 aa  90.9  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 435 aa  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 420 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  22.6 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.27 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  25.06 
 
 		 434 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 425 aa  87.8  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 420 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 420 aa  87  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  23.87 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  23.21 
 
 		 420 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  23.34 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.98 
 
 		 440 aa  81.3  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  23.35 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 448 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  22.63 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  23.23 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.79 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  22.44 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  21.29 
 
 		 420 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 421 aa  69.7  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 421 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.58 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  21.13 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  21.46 
 
 		 419 aa  63.2  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  22.85 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  21.49 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.93 
 
 		 481 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  22.14 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 448 aa  60.5  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.37 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24 
 
 		 431 aa  57  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.08 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 368 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  22.37 
 
 		 392 aa  55.8  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 368 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  21.15 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  30.99 
 
 		 462 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 424 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.14 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  22.76 
 
 		 361 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.9 
 
 		 478 aa  55.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 421 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0495  secretion protein HlyD  29.67 
 
 		 323 aa  54.3  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  25 
 
 		 424 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.62 
 
 		 377 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  22.07 
 
 		 421 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 		 372 aa  53.9  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.37 
 
 		 435 aa  53.5  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  23.43 
 
 		 376 aa  53.5  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  23.43 
 
 		 390 aa  53.1  0.000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.62 
 
 		 361 aa  53.1  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.68 
 
 		 416 aa  53.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.13 
 
 		 350 aa  52.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 456 aa  52.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 421 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  22.83 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  21.45 
 
 		 370 aa  52.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 373 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  24.8 
 
 		 455 aa  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 414 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  24.44 
 
 		 421 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 		 370 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  28.57 
 
 		 474 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 460 aa  51.6  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  21.41 
 
 		 390 aa  50.8  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 417 aa  50.8  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  29.21 
 
 		 369 aa  50.8  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 505 aa  50.4  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  24.89 
 
 		 393 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 464 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2636  secretion protein HlyD family protein  22.93 
 
 		 463 aa  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.71 
 
 		 390 aa  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>