More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4295 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  100 
 
 		 368 aa  734    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  87.5 
 
 		 432 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  81.79 
 
 		 368 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  36.33 
 
 		 365 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.1 
 
 		 372 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  35 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  36.51 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0007  secretion protein HlyD  25.7 
 
 		 378 aa  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0298949  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 627 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 538 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  27.6 
 
 		 484 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  27.3 
 
 		 484 aa  106  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 421 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  26.73 
 
 		 520 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  26.73 
 
 		 520 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  29.96 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 368 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.98485  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  29.19 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  28.53 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 		 412 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  30.19 
 
 		 500 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  27.1 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 		 465 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 406 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 406 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 607 aa  96.3  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  28.82 
 
 		 521 aa  96.3  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 398 aa  95.9  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 456 aa  95.9  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0205  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 378 aa  94.4  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130265  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  28.52 
 
 		 390 aa  90.9  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 399 aa  90.1  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.66 
 
 		 454 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 705 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 468 aa  89.7  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 405 aa  89.4  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 401 aa  89.4  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 421 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 440 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 466 aa  88.6  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  26.97 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 459 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 417 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 417 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 510 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 403 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 416 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 361 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 456 aa  87.4  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 361 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 580 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 459 aa  85.9  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  26.63 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.32 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  26.27 
 
 		 416 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 451 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 497 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  27.46 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 510 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  25.32 
 
 		 422 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 497 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  27.41 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.88 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 683 aa  83.6  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 531 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  27.42 
 
 		 489 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  27.76 
 
 		 516 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 455 aa  82.8  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 516 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  27.42 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  27.09 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 404 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  26.97 
 
 		 415 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 516 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  27.42 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  27.42 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.3 
 
 		 405 aa  82.8  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  25.77 
 
 		 505 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  27.42 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  26.38 
 
 		 384 aa  82  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  27.5 
 
 		 467 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  27.11 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>