185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5682 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  100 
 
 		 366 aa  709    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.02 
 
 		 361 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.02 
 
 		 361 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5654  secretion protein HlyD  68.79 
 
 		 362 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3919  RND family efflux transporter MFP subunit  57.97 
 
 		 373 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0652865  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.98485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  33.52 
 
 		 365 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  37.35 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  34.42 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  30.32 
 
 		 375 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 394 aa  91.7  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0205  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130265  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  30.93 
 
 		 538 aa  76.6  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5136  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  28.65 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  28.53 
 
 		 484 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  27.33 
 
 		 422 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 404 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  27.41 
 
 		 488 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  29.83 
 
 		 404 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  28.16 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 489 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 489 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2012  secretion protein HlyD  23.84 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 489 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 491 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0007  secretion protein HlyD  21.88 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0298949  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  28.97 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  27.21 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3012  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811928 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 503 aa  60.1  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 384 aa  60.1  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  29.03 
 
 		 484 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4568  hypothetical protein  28.53 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  25.23 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  28.49 
 
 		 484 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  29.18 
 
 		 516 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  28.74 
 
 		 491 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  28.83 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  30.36 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  28.83 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  28.83 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  28.83 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  28.83 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  28.67 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 407 aa  57  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  23.77 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 391 aa  56.6  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2096  hypothetical protein  30.16 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2383  hypothetical protein  30.16 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0037846  normal  0.0270218 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 361 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.41 
 
 		 346 aa  55.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  26.64 
 
 		 402 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 364 aa  52.8  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  25.82 
 
 		 520 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  25.82 
 
 		 520 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 411 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 459 aa  52  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 531 aa  52  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3713  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 379 aa  51.6  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 442 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2710  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 399 aa  51.2  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4095  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 525 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 409 aa  50.1  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  27.01 
 
 		 357 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 380 aa  50.1  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 357 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  22.76 
 
 		 355 aa  49.7  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  28.76 
 
 		 382 aa  49.7  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 376 aa  49.7  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 512 aa  49.7  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>