More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2010 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  83.08 
 
 		 413 aa  674    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 412 aa  838    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  69.95 
 
 		 416 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  52.45 
 
 		 418 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  52.56 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.56 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.99 
 
 		 421 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  51 
 
 		 418 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  50.28 
 
 		 440 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  32.85 
 
 		 415 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  33.9 
 
 		 404 aa  186  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 		 384 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 384 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.81 
 
 		 384 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.81 
 
 		 384 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  31.55 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 456 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  31.64 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  32.42 
 
 		 466 aa  162  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  31.8 
 
 		 468 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.45 
 
 		 465 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 472 aa  160  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 416 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 		 451 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  30.09 
 
 		 379 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  29.19 
 
 		 368 aa  154  4e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.04 
 
 		 376 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  31.98 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 		 410 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 361 aa  149  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  29.71 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 455 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 424 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 366 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  29.33 
 
 		 629 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 374 aa  143  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  30.86 
 
 		 423 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  30.55 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  30.28 
 
 		 500 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0105666  normal  0.0985719 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.47 
 
 		 382 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3448  hypothetical protein  64.15 
 
 		 157 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.286089 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.47 
 
 		 382 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 427 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 359 aa  139  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  29.14 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.37 
 
 		 384 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 460 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  29.88 
 
 		 504 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  29.01 
 
 		 467 aa  136  8e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  32.81 
 
 		 253 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  26.19 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  31.02 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 504 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 671 aa  134  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 705 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 406 aa  133  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 406 aa  133  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 366 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 527 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  30.72 
 
 		 399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 		 361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.32 
 
 		 380 aa  130  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 398 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  28.79 
 
 		 561 aa  129  8.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  30.99 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  28.5 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0747  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 537 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  28.79 
 
 		 472 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  30.36 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 502 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 365 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 500 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  30.56 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.72 
 
 		 365 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  28.79 
 
 		 529 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 419 aa  124  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.91 
 
 		 526 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 502 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.4 
 
 		 568 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 537 aa  123  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 552 aa  123  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 509 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  24.93 
 
 		 404 aa  122  9.999999999999999e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 546 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>