More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1589 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 415 aa  851    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.9 
 
 		 394 aa  325  6e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 409 aa  249  9e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3345  RND family efflux transporter MFP subunit  34.47 
 
 		 421 aa  238  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.95 
 
 		 424 aa  223  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1511  membrane-fusion protein  34.29 
 
 		 422 aa  219  7.999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000121317  normal  0.228585 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  29.06 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 411 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 		 416 aa  202  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3176  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.3 
 
 		 426 aa  200  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  28.61 
 
 		 392 aa  196  8.000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0162  cation efflux system protein  30.83 
 
 		 389 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.002148  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 391 aa  186  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3932  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 376 aa  180  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.772133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 380 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  25.46 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 410 aa  97.8  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  24.58 
 
 		 404 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  25.2 
 
 		 422 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  22.36 
 
 		 407 aa  94.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  26.16 
 
 		 418 aa  92  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 427 aa  90.5  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  25.84 
 
 		 418 aa  89.7  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 424 aa  89.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 412 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 		 400 aa  88.2  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 531 aa  86.3  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 428 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 440 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 582 aa  84  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  23.68 
 
 		 503 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  23.4 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  23.55 
 
 		 502 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.29 
 
 		 424 aa  83.2  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  23.33 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  23.6 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  22.7 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.97 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  25.24 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.98 
 
 		 454 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.24 
 
 		 482 aa  80.1  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  22.9 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.24 
 
 		 482 aa  80.1  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.02 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  24.29 
 
 		 410 aa  79.7  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  24.07 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 438 aa  79.7  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  21.8 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.23 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  22.47 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  24.66 
 
 		 517 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  26.95 
 
 		 491 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 513 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.1 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  22.07 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.07 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  24.21 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  20.94 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.87 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  21.58 
 
 		 361 aa  73.6  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  23.63 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  22.05 
 
 		 410 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.96 
 
 		 580 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  20 
 
 		 520 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 375 aa  72  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  20 
 
 		 520 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 538 aa  72  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  23.51 
 
 		 404 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  26.71 
 
 		 375 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  24.37 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  22.07 
 
 		 504 aa  70.5  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  23.63 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  23.96 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 512 aa  70.1  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  21.18 
 
 		 509 aa  70.1  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  27.38 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  25.7 
 
 		 383 aa  69.7  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  25.7 
 
 		 383 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.41 
 
 		 393 aa  69.7  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.19 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  24.91 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.54 
 
 		 460 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  20.27 
 
 		 484 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>