More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0295 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  100 
 
 
379 aa  746    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  59.59 
 
 
386 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  59.42 
 
 
384 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  56.94 
 
 
344 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.87 
 
 
406 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.87 
 
 
406 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  52.62 
 
 
390 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  51.29 
 
 
403 aa  332  5e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
405 aa  332  8e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  47.52 
 
 
383 aa  329  4e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  45.33 
 
 
382 aa  323  3e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  36.09 
 
 
398 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  35.31 
 
 
399 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.55 
 
 
384 aa  168  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 
427 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  29.97 
 
 
418 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.9 
 
 
428 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  32.2 
 
 
413 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  29.45 
 
 
424 aa  159  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  29.75 
 
 
423 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  33.33 
 
 
375 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 
410 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 
412 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 
400 aa  156  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 
421 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  32.25 
 
 
527 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  31.96 
 
 
382 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
402 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  33.33 
 
 
371 aa  149  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 
376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 
417 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 
417 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  31.73 
 
 
415 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  31.66 
 
 
455 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  31.71 
 
 
467 aa  145  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  29.08 
 
 
416 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  27.89 
 
 
388 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 
440 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 
482 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 
482 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.71 
 
 
439 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  31.71 
 
 
439 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 
581 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  29.05 
 
 
377 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 
421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  29.44 
 
 
418 aa  140  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  30.7 
 
 
418 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.36 
 
 
671 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
472 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 
504 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 
403 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  28.16 
 
 
385 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
438 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 
587 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 
502 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  28.46 
 
 
400 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 
529 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 
465 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  32.77 
 
 
375 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.8 
 
 
705 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 
468 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
384 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
384 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  30.03 
 
 
466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  31.66 
 
 
424 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 
512 aa  132  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  28.66 
 
 
526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  29.08 
 
 
500 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  26.75 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.76 
 
 
422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 
361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.45 
 
 
457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  33.2 
 
 
253 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
384 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
384 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.43 
 
 
432 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.21 
 
 
456 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 
502 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.87 
 
 
504 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  29.04 
 
 
472 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
514 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
500 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 
459 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  31.46 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 
359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  28.61 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 
502 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  29.02 
 
 
489 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.51 
 
 
537 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  28.57 
 
 
404 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.5 
 
 
540 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 
416 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 
512 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>