More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2684 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 409 aa  827    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3345  RND family efflux transporter MFP subunit  39.51 
 
 		 421 aa  277  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  34.81 
 
 		 396 aa  257  2e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 415 aa  249  9e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  33.42 
 
 		 392 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 416 aa  239  9e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.5 
 
 		 424 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1511  membrane-fusion protein  34.03 
 
 		 422 aa  226  7e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000121317  normal  0.228585 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.36 
 
 		 394 aa  221  3e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0162  cation efflux system protein  32.41 
 
 		 389 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.002148  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.96 
 
 		 381 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3176  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.27 
 
 		 426 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.56 
 
 		 380 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.14 
 
 		 411 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 391 aa  184  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3932  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 376 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.772133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 410 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  26.27 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 398 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.49 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.16 
 
 		 438 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  24.87 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 424 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.95 
 
 		 423 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  24.78 
 
 		 418 aa  97.8  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 346 aa  97.4  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.35 
 
 		 607 aa  97.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 627 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.93 
 
 		 428 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 627 aa  95.1  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.75 
 
 		 482 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.75 
 
 		 482 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  23.61 
 
 		 459 aa  92.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  27.11 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  26.07 
 
 		 578 aa  90.9  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 382 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 382 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  23.9 
 
 		 401 aa  89.7  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.55 
 
 		 459 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  26.04 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 400 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  29.69 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  25.32 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  22.09 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 509 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 460 aa  84  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  23.35 
 
 		 418 aa  83.6  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 432 aa  83.2  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  22.19 
 
 		 380 aa  82.8  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.13 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  23.54 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 381 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  21.13 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  24.18 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 502 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 599 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 519 aa  80.9  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.817622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  23.15 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  24.39 
 
 		 417 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  25 
 
 		 504 aa  80.1  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 417 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  23.29 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  24.35 
 
 		 582 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  23.23 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  27.21 
 
 		 375 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 379 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  23.58 
 
 		 577 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  24.35 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  23.51 
 
 		 421 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  24.59 
 
 		 650 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  24.27 
 
 		 397 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.11 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  21.17 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.11 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 502 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  21.73 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  24.08 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  22.83 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  22.13 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.71 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  22.83 
 
 		 358 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  22.16 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  22.76 
 
 		 472 aa  77  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>