More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3470 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  100 
 
 
375 aa  758    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  58.62 
 
 
415 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.22 
 
 
384 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.94 
 
 
384 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.45 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.45 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  53.78 
 
 
404 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  42.77 
 
 
416 aa  253  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 
440 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 
417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.09 
 
 
417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 
412 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  28.91 
 
 
413 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 
421 aa  169  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  32.54 
 
 
386 aa  167  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  29.78 
 
 
416 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  31.69 
 
 
418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  30.4 
 
 
388 aa  158  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  33.33 
 
 
379 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  30.59 
 
 
418 aa  156  6e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  30.48 
 
 
382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 
405 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 
410 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  30.51 
 
 
384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  30.1 
 
 
383 aa  137  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  30.72 
 
 
418 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 
400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 
361 aa  134  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 
403 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0747  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.73 
 
 
405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  30.22 
 
 
398 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  30.35 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  30.38 
 
 
344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  29.22 
 
 
424 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  28.75 
 
 
405 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.01 
 
 
427 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 
402 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  32.12 
 
 
382 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 
366 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  31.25 
 
 
385 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.01 
 
 
428 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  26.46 
 
 
390 aa  122  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  26.87 
 
 
526 aa  122  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  28.84 
 
 
423 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  24.57 
 
 
377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.61 
 
 
376 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  28.24 
 
 
650 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 
502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.55 
 
 
365 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  28.17 
 
 
402 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  25.08 
 
 
368 aa  116  6e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 
502 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  26.73 
 
 
472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 
468 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 
406 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 
406 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 
354 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 
403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 
509 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  27.31 
 
 
253 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  29.49 
 
 
366 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 
512 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 
500 aa  109  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
599 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  26.07 
 
 
529 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  29.77 
 
 
371 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
627 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  25.57 
 
 
384 aa  109  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  26.47 
 
 
513 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 
513 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 
513 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 
513 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 
514 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 
380 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  25.47 
 
 
365 aa  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  26.9 
 
 
375 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  25.48 
 
 
404 aa  107  5e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 
456 aa  106  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.6 
 
 
359 aa  106  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 
420 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  26.06 
 
 
466 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.26 
 
 
362 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 
640 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  25.62 
 
 
467 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 
361 aa  103  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 
451 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 
465 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  26.85 
 
 
456 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  26.32 
 
 
397 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.06 
 
 
397 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  28.87 
 
 
527 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 
394 aa  102  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
581 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  31.55 
 
 
397 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 
472 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 
419 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 
451 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>