More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0146 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
394 aa  802    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.61 
 
 
415 aa  329  6e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.72 
 
 
409 aa  231  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3345  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
421 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0162  cation efflux system protein  33.43 
 
 
389 aa  202  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.002148  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  28.65 
 
 
396 aa  199  7.999999999999999e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3176  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.1 
 
 
426 aa  197  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 
411 aa  192  8e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  28.65 
 
 
392 aa  192  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 
416 aa  187  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0257934  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1511  membrane-fusion protein  30.06 
 
 
422 aa  171  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000121317  normal  0.228585 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 
391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 
381 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3932  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 
376 aa  153  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.772133  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.29 
 
 
424 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 
380 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  25.79 
 
 
375 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  26.71 
 
 
418 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  22.86 
 
 
415 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 
384 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 
384 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.77 
 
 
346 aa  97.4  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  23.5 
 
 
404 aa  97.1  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 
400 aa  96.3  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 
410 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 
427 aa  94.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 
384 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 
384 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  28.98 
 
 
366 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.48 
 
 
359 aa  89.7  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 
428 aa  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  22.36 
 
 
403 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 
440 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.79 
 
 
424 aa  87  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.16 
 
 
423 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.7 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 
405 aa  85.5  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  24.22 
 
 
388 aa  85.5  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  19.7 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  22.49 
 
 
413 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  23.38 
 
 
416 aa  84  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  23.99 
 
 
365 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 
382 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  21.43 
 
 
418 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  21.53 
 
 
418 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.51 
 
 
587 aa  80.5  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  23.64 
 
 
405 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 
454 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.39 
 
 
456 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  24.26 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.74 
 
 
412 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  22.19 
 
 
468 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  24.7 
 
 
322 aa  77  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 
357 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  24.19 
 
 
466 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  23.26 
 
 
383 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  23.53 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 
538 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.89 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 
465 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  20.82 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  22.7 
 
 
368 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  21.73 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 
361 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  24.41 
 
 
489 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 
361 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 
489 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 
383 aa  73.2  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.69 
 
 
460 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 
489 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  22.22 
 
 
424 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  24.17 
 
 
398 aa  72.8  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  23.16 
 
 
484 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.9 
 
 
438 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.35 
 
 
421 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  21.64 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.69 
 
 
417 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  23.57 
 
 
401 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 
491 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  22.69 
 
 
417 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  29.18 
 
 
371 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 
531 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  24.57 
 
 
488 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  22.68 
 
 
361 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  21.14 
 
 
375 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  23.41 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  23.08 
 
 
399 aa  71.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  21.93 
 
 
390 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.38 
 
 
451 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  22.66 
 
 
449 aa  70.9  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  23 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.26 
 
 
482 aa  70.5  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.26 
 
 
482 aa  70.5  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  23.18 
 
 
368 aa  69.7  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  21.35 
 
 
408 aa  69.7  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  28.72 
 
 
267 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3919  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 
373 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0652865  normal  0.12074 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>