195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4508 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 361 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 361 aa  689    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  71.58 
 
 		 366 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5654  secretion protein HlyD  70.99 
 
 		 362 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3919  RND family efflux transporter MFP subunit  63.2 
 
 		 373 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0652865  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.98485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  34.33 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  38.04 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  29.83 
 
 		 375 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.67 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.12 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  34.72 
 
 		 356 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.3 
 
 		 368 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 368 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  28.38 
 
 		 432 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0205  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.51 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130265  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 421 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0146  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  31.19 
 
 		 484 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5136  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  28.2 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  30.32 
 
 		 488 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  30.91 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 489 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  31.87 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  25.7 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2012  secretion protein HlyD  22.36 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  27.91 
 
 		 424 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  32.41 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  31.19 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  30.85 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  29.26 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  30.85 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  30.85 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  30.85 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 377 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  30.51 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  30.85 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 503 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3012  secretion protein HlyD  31.88 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811928 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  24.41 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  28.7 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  30.85 
 
 		 491 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  25.76 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  26.43 
 
 		 375 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0007  secretion protein HlyD  21.8 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0298949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  28.92 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  28.45 
 
 		 404 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  27.11 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1589  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.655904 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  27.65 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  26.1 
 
 		 561 aa  55.1  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4568  hypothetical protein  28.15 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3957  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 		 401 aa  55.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 416 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 390 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 538 aa  53.9  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 537 aa  53.5  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4463  RND family efflux transporter MFP subunit  22.76 
 
 		 391 aa  53.5  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  30.04 
 
 		 440 aa  53.5  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  28.91 
 
 		 416 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  29.72 
 
 		 358 aa  53.1  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 416 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 380 aa  53.1  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 416 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 454 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 403 aa  53.1  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 392 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 399 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3713  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.7 
 
 		 367 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.89 
 
 		 383 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 537 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 388 aa  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2383  hypothetical protein  29.22 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0037846  normal  0.0270218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2096  hypothetical protein  29.22 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 348 aa  50.8  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 386 aa  50.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.61 
 
 		 369 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  24.76 
 
 		 365 aa  50.4  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  27.68 
 
 		 401 aa  50.4  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  32.43 
 
 		 380 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 405 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  25.76 
 
 		 416 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>